Pacbio Revio平臺轉(zhuǎn)錄組實驗流程材料方法

 

1、提取方法

1)植物葉片：（天根 DP441（廠家：天根，型號：DP441）

2)植物根、莖、種子：艾德萊 RN40（廠家：艾德萊，型號：RN40））試劑盒

3)動物常規(guī)組織：TRIzol

4)皮膚、毛發(fā)：凱捷 217044（廠家：凱捷。型號：217004）

5)全血PAX管送樣：PAXgene Blood miRNA Kit(50)（廠家：GENENODE。型號：2145A）試劑盒

6)EDTA抗凝血：TRIzol

2、檢測方法

2.1檢測方法

使用 Nanodrop2000 （廠家：賽默飛，型號 ：Nanodrop2000）對于提取的核酸進行濃度純度檢測，并使用 LabChip GX（廠家：鉑金埃爾默，型號：LabChip GX Touch HT）對完整性進行檢測

2.2判定標準

1)總量≥1（ug），滿足 2 次建庫

2)濃度≥20（ng/ul）

3)體積≥10(ul)

4)OD260/280 在 1.7-2.5 之間，OD260/230 在 0.5-2.5 之間，260nm 吸收峰顯示正常

5)RIN值≥8（非植物），RIN值≥7.5（植物），同時若GX檢測6.0-6.4的需結(jié)合基線判斷，28S/18S≥1 且基線無上抬或輕微上抬

6)樣本狀態(tài)正常，樣本粘稠、顏色異常、有渾濁或不溶物均不合格

3、建庫方法

3.1建庫流程

1) 全長cDNA的合成

A.取新的0.2mL PCR管，置于冰上，加入如下試劑

B.輕彈混勻，瞬時離心，置于PCR儀上

C.70℃反應 5 min ，20℃ hold（80℃熱蓋），立即進行下步反應

D.在上步反應期間，配制如下Mix

E.輕彈混勻，瞬時離心

F.取 cDNA 反應產(chǎn)物 9 μL 中加入 10 μL 上述 Mix

G.輕彈混勻，瞬時離心

H.42℃反應 45 min ，20℃ hold（52℃熱蓋），立即進行下步反應

I.向反應完的產(chǎn)物中加入 2 μL Iso-Seq template switch oligo ，總體積達到 21 μL

J.輕彈混勻，瞬時離心

K.42℃反應 15 min ，4℃ hold（52℃熱蓋）

2)磁珠純化

A.將上步反應產(chǎn)物（21μL），移入新的1.5mL低吸離心管中，加入29μLElutionBuffer

B.向1.5mL離心管中加入1.3×（65μL）體積的SMRTbellcleanupbeads磁珠（室溫平衡30min），充分輕彈混勻

C.室溫孵育10min

D.瞬時離心，將樣品置于磁力架上至上清液澄清（約2min）

E.棄上清，保持離心管于磁力架上，沿對壁加200μl的新配置的80%乙醇（注意不要吹起磁珠），靜置30s

F.棄上清，重復漂洗一次

G.瞬時離心，用10μl槍頭棄盡上清，室溫干燥1min

H.向離心管中加入21μL的ElutionBuffer，輕彈混勻，室溫孵育5min

I.置于磁力架上2min，轉(zhuǎn)移上清液至新200μL離心管

3)cDNA擴增

A.取一新的1.5mL 離心管，加入如下試劑

Reagent Volume（μL）

B.向純化產(chǎn)物中加入27μl上述mix

C.加入2μlIso-SeqprimerBarcode，總體積達到50μl

D.充分輕彈混勻，瞬時離心

E.按照下面反應程序反應

 

4)磁珠純化

A.將上步PCR產(chǎn)物分別導入一新的1.5mL低吸離心管中

B.向50μL體積1.5mL離心管中加入0.9X（45μL）體積的SMRTbell cleanup beads磁珠，充分混勻，瞬時離心

C.室溫孵育10min

D.瞬時離心，將樣品置于磁力架上至上清液澄清（約2min）

E.棄上清，保持離心管于磁力架上，沿對壁加入200μl新配置的80%乙醇，靜置30s

F.棄上清，重復漂洗一次

G.棄盡上清，室溫干燥1min

H.向離心管分別加入24μL的Elution Buffer，輕彈混勻，室溫孵育5min

I.置于磁力架上2min，轉(zhuǎn)移上清液至新1.5mL離心管

J.取2μL稀釋液進行Qubit定量，確定PCR產(chǎn)物總

5)混樣

A.根據(jù) Qubit 檢測結(jié)果、數(shù)據(jù)需求量進行混樣，混樣總量達到 55ng ，置于冰上

B.輕彈混勻，瞬時離心

6)kinnex PCR

A.分別加入以下試劑

B.分 22.5 μL 的 Mix 產(chǎn)物加入到 8 連排管中

C.每管中加入2.5μL Kinnex primer mix A-HQ

D.輕彈混勻，瞬時離心

E.按照下面反應程序反應

7)磁珠純化

A.將上步PCR產(chǎn)物分別導入一新的1.5mL低吸離心管中，總體積184μL

B.向1.5mL離心管中加入1.05X（193μL）體積的SMRTbell cleanup beads磁珠，充分混勻，瞬時離心

C.室溫孵育10min

D.瞬時離心，將樣品置于磁力架上至上清液澄清（約2min）

E.棄上清，保持離心管于磁力架上，沿對壁加入200μl的新配置的80%乙醇，靜置30s

F.棄上清，重復漂洗一次

G.棄盡上清，室溫干燥1min

H.向離心管分別加入24μL的Elution Buffer，輕彈混勻，室溫孵育5min

I.置于磁力架上2min，轉(zhuǎn)移上清液至新1.5mL離心管

J.取2μL稀釋液進行Qubit定量，確定PCR產(chǎn)物總量

8)串聯(lián)

A.分別加入以下試劑

B.配置以下mix

C.向41μL反應產(chǎn)物中加入17μL的mix，輕彈混勻，瞬時離心

D.45℃反應60min，4℃hold（52℃熱蓋）

E.加入2μLDNArepairmix，輕彈混勻，瞬時離心

F.45℃反應30min，4℃hold（60℃熱蓋）

9)磁珠純化

A.將上步反應產(chǎn)物移入新的1.5mL低吸離心管中，總體積60μL

B.向1.5mL離心管中加入1×（60μL）體積的SMRTbellcleanupbeads磁珠（室溫平衡30min），充分輕彈混勻

C.室溫孵育10min

D.瞬時離心，將樣品置于磁力架上至上清液澄清（約2min）

E.棄上清，保持離心管于磁力架上，沿對壁加200μl的新配置的80%乙醇（注意不要吹起磁珠），靜置30s

F.棄上清，重復漂洗一次

G.瞬時離心，用10μl槍頭棄盡上清，室溫干燥1min

H.向離心管中加入40μL的ElutionBuffer，輕彈混勻，室溫孵育5min

I.置于磁力架上2min，轉(zhuǎn)移上清液至新200μL離心管

J.使用Qubit檢測濃度

10)酶處理

A.向上述純化產(chǎn)物中分別加入以下試劑

B.使用寬口槍頭輕輕吹打10次，混勻上述樣品，瞬離1s

C.孵育

11)PB磁珠片段篩選

A.向上述產(chǎn)物中加入3.1*體積的 2.85*稀釋的AMPure PB磁珠（室溫平衡30分鐘）

B.使用寬口槍頭輕輕吹打15次，混勻上述樣品，瞬離1s

C.室溫放置20min，瞬離1s

D.轉(zhuǎn)移離心管到磁力架上，直至磁珠完全吸附，將上清液轉(zhuǎn)移到新離心管，備用

E.使用1.5ml 新配的80%酒精洗滌磁珠，30秒后棄掉酒精，重復一次

F.瞬離1s，將酒精棄凈

G.向管中加入 1X Elution Buffer，使用寬口槍頭輕輕吹打15次，進行混勻

H.室溫10-15min溶解DNA，瞬離1s

I.吸取上清液于新的1.5 mL低吸附離心管中

J.取1 μL稀釋5倍，使用Qubit進行濃度測定。純化后DNA樣品可以在4℃保存2周，可以長期保存于-20℃，但避免反復凍融

4、測序方法

1)最終文庫通過濃度（Qubit）檢測，總量需要大于Smrtlink

2)使用REVIO SPRQ POLYMERASE KIT（Pacbio，USA） 對上機文庫進行上機前的結(jié)合，使文庫結(jié)合上Primer（Pacbio，USA）及Polymerase（Pacbio，USA）

3)將最終的反應產(chǎn)物進行SMRTbell cleanup beads（Pacbio，USA）純化后置于Revio（Pacbio，USA）測序儀上進行測序

5、實驗試劑

6、實驗設(shè)備