空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)

定位和區(qū)分功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達

產(chǎn)品介紹

空間轉(zhuǎn)錄組是從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個組織切片中的所有mRNA，從而能夠定位和區(qū)分功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達。

細胞在組織內(nèi)的物理位置是決定其分子特性的關(guān)鍵因素

普通轉(zhuǎn)錄組

得到組織中混合細胞（bulk）表達情況，無法解析細胞表達異質(zhì)性，即無法得到每個細胞的表達情況。

單細胞轉(zhuǎn)錄組

10x genomics等單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)可以得到每個細胞的表達情況，從而解析組織內(nèi)細胞異質(zhì)性。

空間轉(zhuǎn)錄組

10x visium等將組織切片與轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)合，實現(xiàn)空間信息和轉(zhuǎn)錄本信息的獲取。添加基因表達空間分布信息，進一步提高組織內(nèi)部分辨率。

技術(shù)原理

空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)原理

1、對新鮮冷凍組織進行切片，并進行成像。
2、將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化（使細胞中的mRNA得到釋放，并結(jié)合到相應的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息）。
3、以捕獲的RNA為模板進行cDNA合成和測序文庫制備。
4、對制備好的文庫進行測序。
5、數(shù)據(jù)可視化分析（確定哪些基因得到表達，基因表達量，以及這些基因的空間位置信息）。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)原理

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5×6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個唯一的barcode序列。

組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列，然后進行文庫構(gòu)建并進行測序。

最后，根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實現(xiàn)空間基因表達的可視化。

應用方向

病理學

通過添加基因表達維度，得出形態(tài)學結(jié)論
免疫學

免疫細胞浸潤、免疫細胞中的基因表達特征
發(fā)育生物學

發(fā)現(xiàn)組織背景中與形態(tài)形成有關(guān)的基因
神經(jīng)科學

繪制大腦的各個細胞層、區(qū)分正常與患病的大腦解剖特征
腫瘤學

腫瘤微環(huán)境、腫瘤異質(zhì)性、病程進展、癌癥形態(tài)、腫瘤浸潤淋巴細胞

結(jié)果展示

?小鼠腎臟空間轉(zhuǎn)錄組的mRNA表達及聚類

A代表組織切片的HE染色。B和C分別代表UMI計數(shù)和總基因計數(shù)與組織空間位置的圖像疊加。D代表基于總體差異表達基因的空間聚類結(jié)果，最右邊顯示了cluster2排名前10的特異表達基因。E、F、G、H分別代表了不同基因的空間mRNA表達。

小鼠大腦空間分辨率的基因表達

A代表組織切片的HE染色。B和C分別代表海馬組織的標記基因Tmsb4x和Selenow基因的空間表達情況，結(jié)果顯示這兩個基因在海馬體中顯著高表達，符合已知的基因表達模式

常見問題

數(shù)據(jù)量如何確定

樣本類型、Coverage、表達量不同、數(shù)據(jù)量也會不同，數(shù)據(jù)量推薦≥50k reads pairs per spot，(50% tissue coverage * 5000 total spots) * 50,000 read pairs per spot= 125 million read pairs (250M total reads)。故，推薦數(shù)據(jù)量30G-60G/樣

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)如何可視化？

詳情見：空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可視化介紹–loupe browser

樣本如何制備？

實驗流程為：新鮮組織取樣-異戊烷凍存-OCT包埋-冷凍切片-染色-顯微鏡觀察-建庫測序需要客戶準備：新鮮組織取樣–異戊烷凍存（保存或運輸）–OCT包埋–保存或運輸客戶在制備樣本時，需要準備3份樣本（至少2份），每塊組織樣本不宜過大（長寬高約0.8 cm ）

a.一份用于常規(guī)RNA提取，以確保樣本自身及樣本制備不存在問題，當RNA RIN>8時，可進行后續(xù)實驗

b.一份用于正常的切片實驗

c.一份用作備份

詳情見：【空間轉(zhuǎn)錄組】樣本制備（一）

空間轉(zhuǎn)錄組的已發(fā)表文獻有哪些？

標題

時間	期刊	題目	IF	類別
2020.01	Nature Biotechnology	Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas	31.864?	PDAC腫瘤異質(zhì)性
2020.01	Nature cell biology	Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal the molecular, cellular and spatial bone marrow niche organization	17.428	骨髓造血微環(huán)境
2019.12	Cell	A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart	36.216	人類心臟發(fā)育
2019.04	Science	Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis	41.037	肌萎縮性側(cè)索硬化癥
2018.11	Nat Protoc	Barcodedsolid-phase RNA capture SpatialTranscriptomics pro?ling mammaliantissue sections	11.334	實驗方法
2018.10	Cancer Research	Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma	8.378	黑色素瘤異質(zhì)性
2018.06	Nat Commun	Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity	11.878	前列腺癌異質(zhì)性

文章資訊

2021年11月22日空間轉(zhuǎn)錄組在神經(jīng)學方向的應用
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2021年10月29日文獻解讀 | 單細胞和空間轉(zhuǎn)錄組學繪制結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移時空圖譜
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2021年12月9日【空間轉(zhuǎn)錄組】組織到切片的傳奇穿越之旅（3）-附上標準視頻教程
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