在生物學(xué)的研究中,有一個(gè)常用的方法,就是通過(guò)比較分析獲取有用的信息和知識(shí)。我們現(xiàn)在最常見(jiàn)的比對(duì)是蛋白質(zhì)序列之間或核酸序列之間的兩兩比對(duì)，通過(guò)比較兩個(gè)序列之間的相似區(qū)域和保守性位點(diǎn)，尋找二者可能的分子進(jìn)化關(guān)系。我們?cè)谶M(jìn)行功能注釋的時(shí)候也是基于序列相似 ? ? 功能相似這樣的一個(gè)原理來(lái)進(jìn)行的。
目前BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是現(xiàn)在應(yīng)用最廣泛的序列相似性搜索工具，它運(yùn)用某種特定的數(shù)學(xué)模型或算法，找出兩個(gè)或者是多個(gè)序列之間的最大匹配堿基或氨基酸殘基數(shù)，比對(duì)的結(jié)果反映了算法在多大程度上提供序列之間的相似性關(guān)系及它們的生物學(xué)特征。BLAST因其快速及比對(duì)精度高而被廣泛應(yīng)用于雙序列或多序列比對(duì)。
大家非常熟悉的是NCBI上面的BLAST比對(duì)，還記得小編讀研期間在師兄的諄諄教誨下學(xué)到的第一個(gè)技能就是BLAST比對(duì)，可見(jiàn)它的重要性及廣譜性！因?yàn)榇蠹覍?duì)NCBI上的BLAST非常熟悉，這里我就不做過(guò)多的介紹了。今天跟大家分享的是一款可視化的比對(duì)工具：百邁客云（BMKCloud）—BLAST。
序列比對(duì)與NCBI采用的都是第三方BLAST，其數(shù)學(xué)模型或算法都是一樣的?？赡艽蠹乙獑?wèn)了，既然都一樣，那我為什么要選擇BMKCloud呢？在這里我要隆重介紹介紹，BMKCloud優(yōu)勢(shì)如下：
2、無(wú)限制：我們可以比對(duì)很多的序列，而NCBI上是有限制的，超過(guò)上限將不能運(yùn)行比對(duì)任務(wù)。
很多時(shí)候我們拿到轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序數(shù)據(jù)，需要在海量的數(shù)據(jù)里找到自己關(guān)注的基因。我們可以通過(guò)關(guān)鍵詞進(jìn)行功能注釋的搜索，還有常見(jiàn)的方法是我們關(guān)注的 基因，可能在別的物種或者是近緣物種已有報(bào)導(dǎo)。針對(duì)這種情況我們就可以通過(guò)已知的基因序列運(yùn)用BLAST比對(duì)在我們的測(cè)序數(shù)據(jù)里找同源序列。
那這個(gè)時(shí)候你需要的是什么？
大聲告訴我~~
對(duì)，就是百邁客云（BMKCloud）小工具—BLAST！
依然是非常簡(jiǎn)單的操作步驟：
1.登錄百邁客云首頁(yè)（www.biocloud.net）——分析——工具
2.在對(duì)話(huà)框中輸入“BLAST”，Enter鍵進(jìn)入工具使用界面
3. 這里有幾個(gè)輸入框或勾選框，主要包括：
1、 項(xiàng)目名稱(chēng)
2、database ：用于建庫(kù)的核苷酸或氨基酸序列文件，默認(rèn)使用NR庫(kù)（FASTA格式)。
3、 infile ：用于比對(duì)的序列文件，可以為核酸序列或者氨基酸序列。
4、 expect ：非負(fù)數(shù)，默認(rèn)的e值為10，E值越小，說(shuō)明比對(duì)結(jié)果越可信。一般做基因的注釋?zhuān)c已知數(shù)據(jù)進(jìn)行同源性搜索，通常設(shè)定為1e-5或 更小的值。
5、 qcov ：0-100，默認(rèn)為80，查詢(xún)序列與目標(biāo)序列的覆蓋率。
其中兩個(gè)必填輸入框
項(xiàng)目名稱(chēng)：即根據(jù)自己需求對(duì)本次BLAST進(jìn)行命名描述，以便于后期查看結(jié)果與
infile ：在輸入比對(duì)的序列文件時(shí)，有三種方式，包括選擇云文件、瀏覽本地文件或拖拽文件
另外，之前提到BMKCloud很重要的一個(gè)優(yōu)勢(shì)在于可以拿任何fasta文件當(dāng)做比對(duì)的數(shù)據(jù)庫(kù)，因此在“database”這一輸入框中大家就可以選擇自己的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)作為比對(duì)的參考數(shù)據(jù)庫(kù)。
4.完成項(xiàng)目名稱(chēng)和fasta文件輸入之后，點(diǎn)擊提交即可運(yùn)行比對(duì)任務(wù)。
BMKCloud還有很多既操作簡(jiǎn)單又實(shí)用的小工具，如果你正對(duì)著一組數(shù)據(jù)苦惱的話(huà)，那就來(lái)BMKCloud了解一下吧，可能會(huì)有很多驚喜發(fā)現(xiàn)?。?/p>
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