單細(xì)胞測序樣品準(zhǔn)備過程方案及制備方法流程

1.1適用范圍

本指南介紹百邁客平臺單細(xì)胞產(chǎn)品的送樣要求及制備方法，采集送樣前請詳細(xì)閱讀。

1.2聲明

我國法定的傳染病分為三大類：甲類（一類）傳染病包括霍亂和鼠疫；乙類（二類）傳染病包括傳染性非典肺炎、新型冠狀病毒 (2019-nCoV)肺炎、艾滋病、病毒性肝炎、人感染高致病性禽流感、脊髓灰質(zhì)炎、麻疹、流行性出血熱、狂犬病、登革熱、流行性乙型肝炎、細(xì)菌性和阿米巴性痢疾、肺結(jié)核、傷寒和副傷寒、炭疽、流行性腦脊髓膜炎、白喉、百日咳、新生兒破傷風(fēng)、猩紅熱、布魯士病、梅毒、淋病、鉤端螺旋體病、血吸蟲、瘧疾。丙類（三類）傳染病包括流行性感冒、流行性腮腺炎、流行性和地方性斑疹、傷寒、風(fēng)疹、麻風(fēng)病、急性出血性結(jié)膜炎、黑熱病、絲蟲病、包蟲病、還有除了霍亂、細(xì)菌、阿米巴性痢疾、傷寒和副傷寒以外的感染性腹瀉。

涉及上述傳染病的科學(xué)研究需符合國家的相關(guān)規(guī)定，為嚴(yán)格遵守國家法律法規(guī)，本著對社會及相關(guān)操作人員負(fù)責(zé)的態(tài)度，我司要求客戶方真實準(zhǔn)確地提供樣品的生物安全性信息，對樣品是否含有上述感染性病原體進(jìn)行事先說明。樣品中含有上述感染性病原體時，客戶方需要提供符合生物安全等級要求的實驗室以便開展相關(guān)實驗，實驗進(jìn)行時，客戶方有義務(wù)協(xié)助我方實驗員做好實驗安全防護(hù)。客戶方不得隱瞞樣品的生物安全性信息，若出現(xiàn)樣品含有感染性病原體而客戶事先未告知我司的情況，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)我司將停止進(jìn)行相關(guān)項目，已產(chǎn)生的費用由客戶方承擔(dān)。如因客戶方提供的生物安全性信息不實、隱瞞樣品感染性等有關(guān)情況等造成實驗員及相關(guān)人員被感染、疾病傳播等嚴(yán)重后果的，我司將按規(guī)定報告國家相關(guān)部門，并將通過法律等手段追究相關(guān)責(zé)任。

2.1送樣量要求

目前百邁客單細(xì)胞產(chǎn)品包含：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞免疫組庫、單細(xì)胞ATAC，不同類型單細(xì)胞產(chǎn)品具體送樣量要求如下表：

2.2樣本質(zhì)量要求

3.1動物單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組/單細(xì)胞免疫組庫

3.1.1 新鮮動物組織樣本

1）采集前準(zhǔn)備：

實驗前分別提前24小時4℃預(yù)冷4個冰袋，-20℃預(yù)冷2個冰袋。

2）組織處理：

A.新鮮組織從活體取下，要求組織量至少為200mg（黃豆粒大?。?；

B.去除周圍的脂肪、結(jié)締組織或者壞死組織，用預(yù)冷的無菌PBS或者生理鹽水清洗2遍，清洗掉血水等雜質(zhì)；

C.將清洗干凈的目標(biāo)組織樣本切割成5cm-1cm左右的組織塊，盡量不超過1cm，保證組織塊能夠充分接觸組織保存液，完全浸沒在組織保存液中，快速轉(zhuǎn)移到解離實驗室進(jìn)行單細(xì)胞懸液制備，或者寄送到百邁客實驗室進(jìn)行解離。

3）樣本寄送與運輸：

A.離心管用Parafilm 封口膜密封好，在每個樣品管上清晰、簡明地標(biāo)記樣品名稱（采用質(zhì)量較好的油性筆，并避免與乙醇等有機(jī)溶劑接觸），樣品名稱請避免出現(xiàn)漢字，采用字母和數(shù)字表示，長度控制在8個字符以內(nèi)；

B.樣本管用氣泡膜或紗布包裹，避免樣品管直接接觸冰袋而導(dǎo)致組織冰凍而壞死，請根據(jù)運輸時間確認(rèn)冰袋的數(shù)量，確保樣本運輸?shù)竭_(dá)目的地時，樣本溫度保持在2-8℃。

4）注意事項：

A.取樣時用無菌手術(shù)刀或剪刀進(jìn)行取樣，如必須用電刀取樣請避免電刀灼燒部位，取樣避免壞死部位，取樣不能有血凝塊；

B.公司承接樣本及樣本注意事項詳情請見”單細(xì)胞（核）物種組織白名單”。

C.采樣前可以提前聯(lián)系百邁客當(dāng)?shù)劁N售經(jīng)理獲取組織保護(hù)液，由百邁客實驗室寄送分裝好的組織保存液（美天旎，貨號130-100-008），組織保護(hù)液在2-8℃保存，不建議過多囤放以防滋生細(xì)菌，使用前觀察試劑狀態(tài)是否為無色透明液體，無沉淀、無異樣；

D.組織在組織保護(hù)液中的最佳儲存時間為48h，可維持組織樣本的細(xì)胞活性及完整細(xì)胞表位，具體操作方法可參考《百邁客組織保存液寄樣指南》視頻，可以聯(lián)系百邁客當(dāng)?shù)劁N售經(jīng)理獲取。

送樣不規(guī)范示例：

A.樣本沒有紗布包裹，與冰袋直接接觸，導(dǎo)致樣本結(jié)冰，解離活率不足；

B.組織太多，占滿整個管子，組織與保護(hù)液接觸面積很少，使保護(hù)液無法有效的保持組織活性；

C.樣本結(jié)冰，組織被完全凍住，解離活率很低；

D.未將管口包裹住，樣本運輸過程中管口打開，保護(hù)液和部分組織灑落在管外。

3.1.2 血液樣本

1）樣本采集：

A.采集新鮮外周血至少3mL，迅速置于EDTA抗凝管（紫色）中保存，取樣完成后需要立即輕柔管上下顛倒采血管4-6次，保證EDTA抗凝效果；

B.4℃、24h內(nèi)轉(zhuǎn)移到實驗室，分離PBMC后進(jìn)行后續(xù)實驗；

C.或者利用淋巴細(xì)胞分離液分選出外周血單核細(xì)胞PBMC（分選步驟可參考第3.2部分），加入細(xì)胞凍存液梯度凍存，具體操作見第3.1.3部分（推薦上門服務(wù)）；

2）樣本寄送與運輸：

A.離心管用Parafilm 封口膜密封好，在每個樣品管上清晰、簡明地標(biāo)記樣品名稱（采用質(zhì)量較好的油性筆，并避免與乙醇等有機(jī)溶劑接觸），樣品名稱請避免出現(xiàn)漢字，采用字母和數(shù)字表示，長度控制在8個字符以內(nèi)；

B.樣本管用氣泡膜包裹，避免樣品管直接接觸冰袋而導(dǎo)致組織冰凍而壞死，請根據(jù)運輸時間確認(rèn)冰袋的數(shù)量，確保樣本運輸?shù)竭_(dá)目的地時，樣本溫度保持在2-8℃。

3）注意事項：

A.取樣前需要確認(rèn)EDTA抗凝管在保質(zhì)期范圍內(nèi)，只能用EDTA紫色抗凝管；

B.百邁客可以提供PBMC分離服務(wù)；

C.血液離體時間不超過24h。

3.1.3 PBMC/細(xì)胞懸液樣本

PBMC樣本與細(xì)胞懸液樣本，如果沒有預(yù)約上門服務(wù)，需要按細(xì)胞梯度凍存的方式凍存起來，干冰寄送，細(xì)胞梯度凍存操作步驟如下：

A.凍存前準(zhǔn)備：提前30min從-80℃冰箱取出梯度降溫盒并恢復(fù)至室溫備用；

B.準(zhǔn)備好900μL血清+100μL DMSO的細(xì)胞凍存液；

C.收集PBMC或細(xì)胞，用預(yù)冷的無菌PBS清洗1-2遍，將配好的凍存液進(jìn)行細(xì)胞重懸；

D.將重懸好的細(xì)胞懸液分裝到細(xì)胞凍存管中，并在凍存管側(cè)壁做好標(biāo)記；

E.將凍存管放入梯度降溫盒中，放入-80℃冰箱，凍存的細(xì)胞在梯度降溫盒中放置24h后可取出放置在液氮保存，或者直接放置在干冰上進(jìn)行冷凍運輸，寄送到百邁客實驗室。

3.1.4 穿刺樣本

1）樣本采集：對于穿刺樣本，在采集樣本過程中，使用粗針(穿刺針管外徑≥1.2mm)穿刺采集3條樣本。

2）注意事項：

A.組織處理、樣本寄送與運輸參考第1.1部分；

B.采集時需注意的是不能用真空針采樣；

C.穿刺樣品量較少，建議送樣量≥3條，通過增加穿刺樣本數(shù)可以提高成功率。

3.2 動物單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組/單細(xì)胞ATAC

3.2.1 冷凍組織樣品

1）樣本采集與寄送：

A.新鮮組織從活體取下，要求組織量至少為250mg；

B.去除周圍的脂肪、結(jié)締組織或者壞死組織，用預(yù)冷的無菌PBS或者生理鹽水清洗2遍，清洗掉血水等雜質(zhì)，并用紗布或無塵紙擦干組織表面水分；

C.將清洗干凈的目標(biāo)組織樣本切割成5cm-1cm左右的組織塊，盡量不超過1cm，組織分成兩份，一份150mg，一份100mg并做區(qū)分標(biāo)記，分別轉(zhuǎn)入兩個凍存管中，150mg提取細(xì)胞核，100mg提取質(zhì)檢RNA（要求 RIN≥6.0）；

D.立即液氮速凍30min以上，再轉(zhuǎn)移到-80℃保存或干冰寄送，確保組織寄送到實驗室后為冷凍狀態(tài)。

2）注意事項：

心臟、肌肉、皮膚、肺癌、子宮、病變纖維化和器官硬化類組織，提核后會產(chǎn)生較多的碎片，需要進(jìn)行流式分選去碎片；如果涉及到以上樣本，請送樣前提前告知，以便開始提核實驗前預(yù)約好流式細(xì)胞儀，以免耽誤實驗進(jìn)度。

3.2.2 凍存細(xì)胞樣本

1）凍存前細(xì)胞質(zhì)檢：凍存前對細(xì)胞質(zhì)量進(jìn)行檢測，要求細(xì)胞活性大于90%、細(xì)胞結(jié)團(tuán)率小于 10%，樣品無細(xì)胞碎片等雜質(zhì)；原代細(xì)胞或培養(yǎng)細(xì)胞總數(shù)大于1×10⁶個，流式分選細(xì)胞大于5×10⁵個，并提供質(zhì)檢結(jié)果。

2）細(xì)胞梯度凍存：

A.凍存前準(zhǔn)備：提前30min從-80℃冰箱取出梯度降溫盒并恢復(fù)至室溫備用；

B.準(zhǔn)備好900μL血清+100μL DMSO的細(xì)胞凍存液；

C.收集PBMC或細(xì)胞，用預(yù)冷的無菌PBS清洗1-2遍，將配好的凍存液進(jìn)行細(xì)胞重懸；

D.將重懸好的細(xì)胞懸液分裝到細(xì)胞凍存管中，并在凍存管側(cè)壁做好標(biāo)記；

E.將凍存管放入梯度降溫盒中，放入-80℃冰箱，凍存的細(xì)胞在梯度降溫盒中放置24h后可取出放置在液氮保存，或者直接放置在干冰上進(jìn)行冷凍運輸，寄送到百邁客實驗室。

3.2.3 其他類

血液樣本參考第3.1.2部分，PBMC/細(xì)胞懸液樣本參考第3.1.3部分，推薦直接上門服務(wù)。

3.3?植物單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組

3.3.1?新鮮植物組織樣品

1）活體植株（優(yōu)先推薦）

A.幼嫩植株：種子培育的低齡幼苗（7-14 天）、組培苗——葉片、幼嫩莖、莖尖、根尖；

B.成熟植株：莖尖組織及靠近莖尖的第 1-2片幼嫩葉片、發(fā)育中的花或者花序；

C.取樣量：保證每一個單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組文庫的理論用量 0.5-2g；

D.其它：特殊貴重活體樣品需要客戶提供樣品的種植、保存條件（溫度、光照、營養(yǎng)液、澆水條件、PH 等等），以保證樣品的正常生長；

E.每一個根部保留少量土壤，利用錫箔紙或者塑料薄膜將植株根部包裹起來， 植株部分需要利用小鐵環(huán)或者絲帶纏繞，保證枝條莖葉不分散，但不需要捆綁非常緊實，防止機(jī)械對莖枝葉的損傷。

F.外面用紙箱或者泡沫包裹，防止植株碰撞，并用塑料薄膜纏繞固定。

G.一般活體植株常溫運輸培養(yǎng)，如果有特殊培養(yǎng)條件（需要做相應(yīng)的處理，例如，低溫用冰袋運輸，冰袋與密封袋之間放置泡沫板）。

2）離體枝條

A.枝條選擇：枝條頂端有待萌發(fā)葉芽，且葉芽周邊有幾片幼葉；枝條中下端保留部分成熟葉片；

B.枝條預(yù)處理：剪斷枝條，自底端往上約5cm 用浸透水的吸水紙包裹好，放入自封袋，袋中噴水，填充部分空氣，密封袋口；

C.枝條運輸：自封袋放入泡沫箱，箱體內(nèi)側(cè)壁放部分冰袋（保證低溫運輸），冰袋與自封袋間放置泡沫板，防止冰袋積壓樣品或因冰袋與樣品直接接觸導(dǎo)致樣品被凍傷；

D.運輸時間：保證24 h內(nèi)到樣，最多不得超過48 h；

E.取樣量：保證每一個單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組文庫的理論用量 0.5-2g；

F.其它：取“離體枝條”僅限比較難以獲得幼嫩活體植株的項目，如野外采樣、植株過大等導(dǎo)致的取樣或運輸比較困難的項目；離體枝條到樣后如有損傷等將不再用于實驗；離體枝條如果保存、運輸不善會存在部分潛在風(fēng)險：即得到的實驗效果可能會比活體植株檢測結(jié)果稍差（理論上的潛在風(fēng)險）。

3）注意事項

A.建議一次送樣量≥2g；

B.所有待取的幼嫩組織長勢必須正常（無病蟲害、無營養(yǎng)缺失）；

C.對于需要保留莖尖的特殊情況，取樣時不取莖尖組織，只取緊靠近莖尖的第 1-2 片嫩葉；

D.部分植物單細(xì)胞核項目（物種及組織類型在我司白名單之外）在正式啟動前會進(jìn)行預(yù)實驗以判斷能否順利開展正式實驗，故活體樣本送樣時應(yīng)保證至少3天的啟動延時（即活體樣本到樣后需等待3天至預(yù)實驗合格后方能正式啟動樣本，如對時期要求嚴(yán)格的樣本需格外注意），送樣前可與我司溝通確認(rèn)具體情況。

3.3.2?冷凍組織樣品

1）樣本采集與寄送：

A.新鮮組織從活體取下，要求組織量至少為700 mg；

B.去除周圍的非目標(biāo)組織，用預(yù)冷的無菌PBS或者生理鹽水清洗2遍，清洗掉雜質(zhì)；

C.將清洗干凈的目標(biāo)組織樣本切割成0.5cm-1cm左右的組織塊，盡量不超過1cm，剪切成約0.5 cm,不足0.5 cm的從中間切開即可；

D.將組織分成兩份，一份600mg，一份100mg并做區(qū)分標(biāo)記，其中600 mg用來提取細(xì)胞核，100 mg用來提取 RNA（要求 RIN≥7.0）；

E.立即液氮速凍30min以上，再轉(zhuǎn)移到-80℃保存或干冰寄送，確保組織寄送到實驗室后為冷凍狀態(tài)。

4.1 懸液制備方案評估

由于不同物種和組織類型的解離條件差異較大，百邁客提供單細(xì)胞懸液制備預(yù)實驗服務(wù)，會對目標(biāo)組織類型的單細(xì)胞懸液制備方案進(jìn)行評估。提前預(yù)約好樣本寄送時間，保證到樣后盡快開展單細(xì)胞懸液制備實驗，組織凍存液寄送樣本最好在48h內(nèi)完成解離；確定好細(xì)胞懸液制備方案后，即可正式開展項目。

4.2 正式實驗

目前百邁客提供兩種類型的正式實驗服務(wù)模式：

4.2.1 上門服務(wù)

老師只需提供組織樣本，預(yù)約上門后實驗工程師上門，按照預(yù)實驗評估的解離方案進(jìn)行解離、單細(xì)胞分選上機(jī)、反轉(zhuǎn)錄成cDNA后低溫暫存，后續(xù)在百邁客實驗室完成建庫測序。

或者老師完成單細(xì)胞懸液制備實驗，實驗工程師進(jìn)行單細(xì)胞懸液質(zhì)量評估，評估合格后進(jìn)行后續(xù)實驗操作，單細(xì)胞質(zhì)量要求見第2.2部分。

備注：單細(xì)胞懸液制備好后，建議在30分鐘內(nèi)質(zhì)檢上機(jī)，建議老師提前安排好時間；儀器設(shè)備要求詳情見第4.3.3部分。

4.2.2 組織寄送

百邁客單細(xì)胞組織保存液寄送方式（推薦），采用組織保存液儲存組織樣本，既可以保持樣本最原始組織活性狀態(tài)，又可以解決樣本難以獲取以及批次性效應(yīng)等問題，老師寄送組織到百邁客實驗室，實驗工程師進(jìn)行解離、單細(xì)胞分選上機(jī)、反轉(zhuǎn)錄、建庫、測序。

注意事項

• 根據(jù)組織類型選擇服務(wù)模式：適用于組織保存液寄送的組織推薦組織，寄送，其他不適用寄送的組織類型、細(xì)胞、血液樣本推薦上門服務(wù)；
• 一些特殊樣本由于組織結(jié)構(gòu)、細(xì)胞大小等限制，在不適用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的情況下，可以進(jìn)行單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序。

4.2.3 儀器耗材清單

注意事項：

1）標(biāo)記*的設(shè)備需放置在同一房間；

2）實驗臺大小要求能滿足兩名實驗員操作；

3）三孔儀器電源插座大于3 個；

4）生物安全柜可用常規(guī)實驗臺代替。

4.3 風(fēng)險提示與評估

1）組織保存液寄送樣本盡量保證48h內(nèi)寄送到實驗室開展實驗，時間過長會影響細(xì)胞活率及細(xì)胞表達(dá)狀態(tài)；

2）單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組組織樣本一定要備份進(jìn)行質(zhì)檢（RIN值≥6.0），RNA完整性會影響數(shù)據(jù)結(jié)果；

3）細(xì)胞活率低于85%，可能引起mRNA部分降解導(dǎo)致基因檢出減少，細(xì)胞內(nèi)線粒體基因比例偏高，占用有效數(shù)據(jù)量；

4）細(xì)胞直徑<40 μm（10x）或<60 μm（DG）細(xì)胞過大容易堵塞芯片，無法形成油包水，過大的細(xì)胞利用細(xì)胞篩過濾；

5）細(xì)胞結(jié)團(tuán)<15%，組織解離不充分，會看到細(xì)胞懸液中2個或多個細(xì)胞粘連在一起的情況，可能會導(dǎo)致最終數(shù)據(jù)中雙細(xì)胞占比偏多，占用有效數(shù)據(jù)量，結(jié)團(tuán)過高還可能會堵塞芯片，無法形成油包水；

6）解離過程中可能由于解離條件過于劇烈而產(chǎn)生大量碎片，可能會導(dǎo)致背景噪音高，占用有效數(shù)據(jù)量，也會引起有效細(xì)胞數(shù)偏離預(yù)期。