時(shí)光不經(jīng)用，抬眼是年終。對于百邁客來說2022年是收獲的一年，這一年百邁客共助力近60篇基因組Denovo研究成功見刊，喜擁4篇Nanture genetics，平均每周新增1+；平均影響因子10+！
成功助力泛基因組系列分析
合作單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
影響因子：41.307
研究內(nèi)容：基于Nanopore平臺構(gòu)建了覆蓋所有二倍體棉花基因組類型的泛基因組和泛三維基因組圖譜，揭示了染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的變化與棉花纖維的表型間的關(guān)系。并聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組、群體進(jìn)化、GWAS等研究揭示了棉花基因組進(jìn)化史，解碼纖維長度遺傳基礎(chǔ)的調(diào)控變異。該研究將助力破解優(yōu)質(zhì)棉育種的瓶頸問題，為其他植物種屬水平的種質(zhì)資源演化和性狀形成機(jī)制研究提供參考。
合作單位：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所
影響因子：41.307
研究內(nèi)容：基于PacBio等技術(shù)構(gòu)建了中國豌豆主栽品種“中豌6號”的高質(zhì)量基因組（3.8 Gb）。通過118 個栽培和野生豌豆種質(zhì)群體分析，解決了豌豆屬物種劃分的爭議。QTL分析鑒定出與粒型、株高等相關(guān)的候選基因。隨后構(gòu)建了栽培和野生豌豆種質(zhì)的泛基因組，發(fā)現(xiàn)大部分泛基因組多樣性主要存在于不同物種和遺傳分組之間，近緣野生種和地方種表現(xiàn)出豌豆育種資源的重要潛力。該研究為豌豆起源馴化、基因挖掘、種質(zhì)創(chuàng)新和育種改良提供了寶貴資源。
合作單位：東北師范大學(xué)
影響因子：21.949
研究內(nèi)容：組裝了所有山羊草屬Sitopsis組的5個物種的染色體水平基因組、無芒山羊草（Aegilops mutica）的基因組用于系統(tǒng)發(fā)育分析。研究結(jié)果表明，六倍體普通小麥中的B套亞基因組的供體可能是一個已經(jīng)滅絕的山羊草屬Sitopsis組二倍體物種。五個Sitopsis組物種基因組大小的差異主要是由于獨(dú)立的物種分化后轉(zhuǎn)座子擴(kuò)張所導(dǎo)致的。作者還鑒定了一系列與重要農(nóng)藝性狀相關(guān)的Sitopsis基因，可用于未來小麥的育種改良。這些新組裝的基因組資源為小麥-山羊草復(fù)合群的演化和遺傳改良提供了重要的研究思路。
合作單位：沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
影響因子：13.263
研究內(nèi)容：基于Nanopore平臺構(gòu)建了12個高質(zhì)量水稻基因組（contigN50 8.77-15.84Mb）。通過全基因組比對分析找尋大量的結(jié)構(gòu)變異（SVs），發(fā)現(xiàn)SV相關(guān)基因可能在葉綠體膜系統(tǒng)中發(fā)揮重要作用，顯性LTG1的水稻品種比具有其他類型等位基因的水稻品種更耐低溫，說明LTG1在調(diào)節(jié)水稻耐寒性中起著關(guān)鍵作用。豐富的基因CNVs是水稻遺傳多樣性的一個重要特征，研究發(fā)現(xiàn)GNP1的拷貝數(shù)變異（CNVs）可能與水稻粒數(shù)相關(guān)。本研究為擴(kuò)寬粳型栽培稻的遺傳多樣性、進(jìn)一步提升育種潛力提供遺傳基礎(chǔ)。
合作單位：北京市農(nóng)林科學(xué)院林業(yè)與果樹研究所
影響因子：6.6267
研究內(nèi)容：以林果所自主選育的特色板栗良種 ‘燕紅’、‘燕山早生’和‘黑山寨7號’為試驗(yàn)材料，構(gòu)建三個高質(zhì)量染色體水平的板栗基因組。通過全基因組比對分析，尋找三個樣本基因組間的存在/缺失變異（PAV）信息，基因家族GBSS II的擴(kuò)張可能與板栗糯性相關(guān)。并構(gòu)建了板栗基因組數(shù)據(jù)庫，為瀏覽基因組、搜索序列和設(shè)計(jì)引物提供了工具。為實(shí)現(xiàn)早熟、抗旱及宜機(jī)械化修剪的優(yōu)質(zhì)板栗品種的聚合育種打下基礎(chǔ)。
突破多倍體疑難
合作單位：福建農(nóng)林大學(xué)
影響因子：41.307
研究內(nèi)容：通過PacBio HiFi模式完成了甘蔗細(xì)莖野生種割手密Np-X（2n=4x=40）10組同源染色體的共40條染色體基因組。推演了x = 8中出現(xiàn)的“雙著絲?！爆F(xiàn)象，并推斷Np-X（x=10）最有可能代表祖先的核型。102份割手密的重測序顯示，割手密起源于印度北部的一個x=10的祖先，然后傳播到印度次大陸、中國和東南亞的四個主要群體。本次研究提供了同源四倍體甘蔗割手密的基因組資源，提出了加速甘蔗改良的新方向，并擴(kuò)展了對同源多倍體進(jìn)化的認(rèn)識。
合作單位：湖南師范大學(xué)
影響因子：7.3637
研究內(nèi)容：構(gòu)建了高質(zhì)量的異源四倍體鯽鯉F22代基因組（2.95Gb）。與親本紅鯽和鯉比較，發(fā)現(xiàn)異源四倍體個體中200條染色體一半來自于紅鯽一半來自于鯉，同源染色體間存在重組交換現(xiàn)象。推測DNA修復(fù)和減數(shù)分裂重組等機(jī)制在異源四倍體鯽鯉品系形成過程中共同發(fā)揮作用。交個體中紅鯽和鯉來源基因在表達(dá)和DNA甲基化層面存在多種變化特征。本研究為后續(xù)進(jìn)一步揭示通過遠(yuǎn)緣雜交形成的其它可育品系的遺傳特性提供了重要的參考。
破譯苦瓜T2T基因組
合作單位：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所
影響因子：7.291
研究內(nèi)容：基于高深度的HiFi reads組裝以及Hi-C輔助染色體掛載，最終完成296 Mb金鈴子端粒至端粒基因組的組裝（contigN50=25.3 Mb；掛載率99.87%）。并聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組、代謝組、ATAC-seq等技術(shù)，揭示了‘金鈴子’基因組組成和進(jìn)化關(guān)系以及果實(shí)生長發(fā)育的分子調(diào)控機(jī)制，進(jìn)一步細(xì)化了苦瓜亞種材料差異表型的基因組變異特征，以及果實(shí)品質(zhì)的關(guān)鍵信息。
組學(xué)聯(lián)合深入挖掘
合作單位：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
影響因子：41.307
研究內(nèi)容：基于荔枝（Litchi chinensis）基因組的高度雜合（~2.27%），構(gòu)建了兩套高質(zhì)量“妃子笑”單倍型基因組（470 Mb）。72份荔枝重測序分析發(fā)現(xiàn)，來自云南的一個野生群體的極早熟荔枝品種主要與“妃子笑”的其中一個單倍型對應(yīng)；來自海南的一個野生群體的晚熟荔枝品種則與另外一個單倍型對應(yīng)。早熟荔枝品種可能是極早熟荔枝品種與晚熟荔枝品種的雜交形成的，在廣東培育而成。包含一對CO-like基因的3.7kb序列的缺失變異可能調(diào)控著不同荔枝品種間的果實(shí)成熟差異。
合作單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
影響因子：23.178
研究內(nèi)容：山金柑 ( Fortunella hindsii) 是金柑屬的一種常綠野生果樹，本研究利用山金柑品系Sy3-45為材料構(gòu)建了高質(zhì)量基因組和遺傳群體，實(shí)現(xiàn)了金柑屬無融合生殖關(guān)鍵基因的定位。結(jié)合柑橘不同屬材料的全基因組重測序數(shù)據(jù)，進(jìn)一步解析了金柑屬和柑橘屬無融合生殖表型的平行進(jìn)化機(jī)制。該研究發(fā)現(xiàn)，雜交起源的柑橘群體能夠通過無融合生殖來保持雜交優(yōu)勢，并導(dǎo)致無融合生殖的關(guān)鍵MITE插入以雜合子形式存在，首次提出了無融合生殖在柑橘分化和馴化過程中的重要作用。
合作單位：中國林科院林業(yè)研究所
影響因子：13.263
研究內(nèi)容：完成了對蒙古沙棘高質(zhì)量基因組組裝（Size 849 Mb；contigN50 2.15 Mb）。結(jié)合比較基因組、轉(zhuǎn)錄組、代謝組以及重測序等方法，揭示了額外的全基因組復(fù)制事件促進(jìn)了沙棘脂肪酸和抗壞血酸生物合成相關(guān)基因的擴(kuò)張，并篩選到調(diào)控沙棘果實(shí)不飽和脂肪酸和抗壞血酸含量的關(guān)鍵基因，這些基因受到沙棘基因組WGD的擴(kuò)張并伴隨基因組分離重組而分散在不同染色體上。本研究為為探索胡頹子科的進(jìn)化和分子育種提供了寶貴的資源。
不僅如此，地椒、蔓菁、藍(lán)莓、諸葛菜、龍腦香、金銀花、北馬兜鈴、甘菊、川桑、枇杷、龍眼等具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值/藥用價(jià)值物種，也在百邁客的助力下被成功破譯。
截至目前，百邁客已有10余年的基因組+群體研究經(jīng)驗(yàn)，合作發(fā)表基因組系列文章160余篇，IF 1600+；還有更多項(xiàng)目正在投稿中，相信不久將會收到更多的喜報(bào)。百邁客——全力打造基因組組裝專家！
2022年是突破的一年
① 百邁客實(shí)現(xiàn)基因組分析上云，全自動調(diào)研圖分析可極速高效辨析材料基礎(chǔ)信息，更有組裝/比較基因組等APP助力個性化數(shù)據(jù)可視化挖掘！
② 百邁客HiFi產(chǎn)出屢破新高！基因組組裝質(zhì)量再沖云霄！百邁客現(xiàn)已成功搭建高質(zhì)量T2T基因組、單倍型基因組、泛基因組、全基因組甲基化等分析平臺，全面滿足多樣化基因組分析需求，為科研助力！
③ 百邁客再度與PacBio深度合作簽訂Revio測序儀，引領(lǐng)三代測序走向新篇章！百邁客青島實(shí)驗(yàn)室中現(xiàn)已有十余臺PacBio 測序儀，相信在Revio的加持下，將更好的為國內(nèi)外科研單位提供全面、快速、具性價(jià)比的優(yōu)質(zhì)服務(wù)。
尾聲
凡為過往，皆為序章，且聽風(fēng)吟，靜待花開，2023我們將砥礪前行，再續(xù)新篇!
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