BSCMatrix軟件環(huán)境搭建及使用

今天給大家介紹的是百創(chuàng)智造的分析軟件 “BSCMatrix ”，?該軟件可以完成BMKMANU DG1000下機(jī)數(shù)據(jù)到矩陣文件等流程文件的生成。BSCMatrix下載鏈接：http://www.bmkmanu.com/portfolio/tools部署位置：

1、conda安裝

#下載

wget?https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

#下載完成之后運(yùn)行

sh?Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

————>?#按提示安裝

#安裝完成后執(zhí)行以下命令

source?~/.bashrc

#幫助命令
conda?list?#查看當(dāng)前環(huán)境下用conda安裝的軟件
conda?remove?fastqc?#?刪除該環(huán)境中的軟件
conda?remove?-n?rnaseq?fastqc?#?刪除指定環(huán)境下的軟件
conda?update?fastqc?#升級指定的軟件
conda?update?conda?#升級conda本身

2、conda環(huán)境配置

conda?create?-n?(環(huán)境名)?python=3.9
#激活創(chuàng)建的環(huán)境
conda?activate?(環(huán)境名)
#添加鏡像源
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda?config?–add?channels?https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
#查看鏡像源
conda?config?–show-sources

3、安裝python模塊

#BSCMatrix
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?plotly
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?lz4
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?Cython
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?h5py
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?scipy
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?tables
pip3?install?-i?https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple?sklearn

4、運(yùn)行setup.py

cd?BSCMatrix_v1.7/cellcalling/
python?setup.py?build_ext?-i

5、安裝star和samtools

conda?install?star=2.6.1d
conda?install?samtools

6、運(yùn)行

#輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
1）測序數(shù)據(jù)：雙端測序 fastq 數(shù)據(jù)。
2）參考基因組數(shù)據(jù)：基因組序列文件，gtf 文件，gff 文件。
3）features.tsv 文件：可使用 gtf 文件生成，參考命令：perl ./tools/features_generate_v1.1.pl?-i?xxx.gtf?-o?features.tsv
4）STAR 基因組索引文件：可使用基因組序列文件和 gtf 文件生成，參考命令：
STAR?–runThreadN?8?–runMode?genomeGenerate?–genomeDir?star/?–genomeFastaFiles?genome.fa?–sjdbGTFfile?gene.gtf

#配置文件編寫

config.txt：

###?數(shù)據(jù)文件
##?測序數(shù)據(jù)：步驟 1、2 使用
FQ1?/path/to/read_1.fastq
FQ2?/path/to/read_2.fastq
##?參考基因組 STAR 索引文件、gff 文件：步驟 2 使用
INDEX?/path/to/STAR/index/dir/
GFF?/path/to/ref/gene/gff3/file
## features.tsv 文件：步驟 3 使用
FEATURE?/path/to/features.tsv
##?輸出目錄及輸出前綴
OUTDIR?/path/to/result/dir/
PREFIX?outfile-prefix
###?程序參數(shù)
##?fastq2BcUmiSC
MinKmerNum?3?#最低匹配?kmer?數(shù)
##?Umi2Gene
Sjdboverhang?100?#STAR?建庫時使用的-sjdboverhang?參數(shù)值，默認(rèn)?100
Threads?8?#STAR?比對線程數(shù)##?QC
EC?3000?#期望細(xì)胞數(shù)

#流程運(yùn)行

1）流程說明：

流程分為?5?個步驟，如下所示：
A）步驟?1：運(yùn)行 fastq2BcUmiSC，識別 fastq 數(shù)據(jù)中的 barcode、umi。
B）步驟?2：運(yùn)行 Umi2Gene，將 reads 與參考基因組比對，得到每個 UMI 對應(yīng)的基因信息。
C）步驟?3：運(yùn)行 MatrixMake，獲得基因表達(dá)矩陣。
D）步驟?4：運(yùn)行 QC，過濾基因表達(dá)數(shù)據(jù)與統(tǒng)計。
E）步驟?5：運(yùn)行 WebReport，得到網(wǎng)頁版報告。

2）流程參數(shù)：

-c?config.txt?數(shù)據(jù)配置文件
-s?步驟選擇，0?為運(yùn)行?1-5?所有步驟，也可選擇個別步驟單獨(dú)運(yùn)行，多個步驟中間使用“，”分割。

3）參考命令：

./BGTMatrix?-c?config.txt?-s?0
./BGTMatrix?-c?config.txt?-s?1,2,3,4,5
./BGTMatrix?-c?config.txt?-s?1,2

報錯及解決方法

#1?權(quán)限報錯
./BSCMatrix:?Permission?denied
#解決
chmod?755?./BSCMatrix

#2?perl報錯
BEGIN?failed–compilation?aborted
#解決
yum?groupinstall?perl*
注：分析過程中如遇到報錯，請保留dos界面截圖聯(lián)系我們，我們將及時為您處理。