手把手教你如何上傳GEO數(shù)據(jù)庫(kù)【圖文教程實(shí)用帖】

還在為不知如何上傳GEO數(shù)據(jù)庫(kù)而發(fā)愁嗎？還在為不愿意看繁瑣的英文幫助而不知所措嗎？一篇帖子教你如何上傳GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，建議收藏，再也不用愁“書到用時(shí)方恨少”了。

一、創(chuàng)建賬號(hào)

如果要上傳GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，首先要?jiǎng)?chuàng)建NCBI帳號(hào)， 網(wǎng)址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/

登錄成功后，回到GEO的主頁(yè)，點(diǎn)擊 ?Submission Guidelines

二、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

GEO數(shù)據(jù)庫(kù)支持上傳芯片數(shù)據(jù)、高通量數(shù)據(jù)以及RT-PCR數(shù)據(jù)等，首先選擇需要上傳數(shù)據(jù)的類型，接下來(lái)以high-throughput sequence submisssions （高通量測(cè)序）為例進(jìn)行詳解。

點(diǎn)擊進(jìn)去如下圖：

可以看見我們上傳數(shù)據(jù)需要準(zhǔn)備三個(gè)文件，分別為：Metadata spreadsheet、Processed data files、Raw data files。下面分別介紹每個(gè)文件如何填寫以及準(zhǔn)備。

1）Metadata spreadsheet文件

?? ? ?? 點(diǎn)擊下方鏈接下載該表格

該表格一共包括7個(gè)部分，以下將分別介紹如何填寫：

A、SERIES

主要包含文章的標(biāo)題、概述、實(shí)驗(yàn)整體設(shè)計(jì)、共同作者、補(bǔ)充材料和SAR號(hào)（SRA號(hào)為選填，如果已經(jīng)上傳了SRA，則填上，否則空著即可）

B、SAMPLE

樣品的詳細(xì)信息，包括樣品名稱、來(lái)源、器官、年齡、表達(dá)值數(shù)據(jù)和原始數(shù)據(jù)等

C、PROTOCOLS

樣品的實(shí)驗(yàn)和提取建庫(kù)詳情

D、DATA PROCESSING PIPELINE

高通量數(shù)據(jù)的處理過(guò)程，主要包括堿基識(shí)別、比對(duì)、過(guò)濾、參考基因組、文件格式等

E、PROCESSED DATA FILES

基因表達(dá)量文件名稱、文件類型和MD5值（windows電腦可以使用MD5碼生成軟件，linux可以用md5sum file命令生成）

F、RAW FILES

原始數(shù)據(jù)文件名稱、格式、MD5碼、平臺(tái)類型、測(cè)序讀長(zhǎng)和單雙端信息

G、PAIRED-ENDWEXPPERIMENTS

如果是雙末端數(shù)據(jù)，需要填寫原始數(shù)據(jù)名稱、插入片段長(zhǎng)度、標(biāo)準(zhǔn)偏差

2）、Processed data files文件

???? 基因表達(dá)量文件 ，如果沒(méi)有預(yù)測(cè)的新基因，文件只需要提供gene ID 和表達(dá)量如下：

如果表達(dá)量文件包含新預(yù)測(cè)的基因，還需要補(bǔ)充新基因（已知基因可選填）的Chromosome（染色體號(hào)）、Strand（正負(fù)鏈信息）、start（起始位置）、end（終止位置）、length（長(zhǎng)度）。

3）、Raw data files文件

這里需要準(zhǔn)備clean 數(shù)據(jù)的fq文件，通常情況下fq文件很大，因此GEO數(shù)據(jù)庫(kù)要求fq文件必須壓縮。

三、數(shù)據(jù)上傳

到這里準(zhǔn)備工作就全部做完了，下面開始上傳數(shù)據(jù)

上傳數(shù)據(jù)有以上兩種途徑，小編比較推薦第一種，利用FileZilla軟件，下載地址點(diǎn)擊圖片的鏈接，打開FileZilla軟件，開始上傳數(shù)據(jù)，主機(jī)(H) 框填寫上圖中host對(duì)應(yīng)的內(nèi)容ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，用戶名(U)填寫geo，密碼填寫 33%9uyj_fCh?M16H，端口號(hào)可不填，全部填好后，點(diǎn)擊快速連接按鈕

連接成功后，在遠(yuǎn)程站點(diǎn)下的文件名展示中創(chuàng)建自己的文件，在fasp目錄下面創(chuàng)建自己的目錄（當(dāng)然也可以與fasp目錄同級(jí)下創(chuàng)建），例如ABC，創(chuàng)建方法為點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，會(huì)出現(xiàn)下圖中的創(chuàng)建空文件夾對(duì)話框，輸入自己文件夾的命名，之后點(diǎn)擊確認(rèn)，這樣你的文件夾就創(chuàng)建成功了。

最后在本地站點(diǎn)中找到您要上傳的文件，雙擊就可以將文件上傳到您在GEO創(chuàng)建的路徑下了，數(shù)據(jù)上傳一般會(huì)比較慢。數(shù)據(jù)全部上傳后，需要給GEO發(fā)郵件，點(diǎn)擊下方的鏈接。

郵件內(nèi)容可以參考下方：

一般GEO第二天就會(huì)給您回復(fù)郵件，告知您具體的GEO號(hào)。