SILVA是一個包含三域微生物（細菌、古菌、真核）rRNA基因序列的綜合數(shù)據(jù)庫，其數(shù)據(jù)庫涵蓋了原核和真核微生物的小亞基rRNA基因序列（簡稱SSU，即16S和18SrRNA）和大亞基rRNA基因序列（簡稱LSU，即23S和28SrRNA）。目前數(shù)據(jù)庫版本為SILVA 138.1，更新時間為2020年9月2日，數(shù)據(jù)庫包含的數(shù)據(jù)信息見下表1所示。
表1?SILVAdatabases 138.1數(shù)據(jù)庫基本參數(shù)信息
2021年5月，中科院微生物所通過從健康志愿者糞便中分離培養(yǎng)細菌，構(gòu)建了一個開放獲取的人類腸道微生物庫（hGMB）。數(shù)據(jù)庫共有1170個菌株，代表6門53科159屬400個不同物種。并保存在國際保存機構(gòu)（IDA）-中國微生物培養(yǎng)總收集中心（CGMCC），以便在全球范圍內(nèi)長期保存和公共使用。該網(wǎng)站提供了已知物種的菌株身份、基因組材料和基本分類信息。根據(jù)國際原核生物命名規(guī)則，對102個新種進行了特征描述和命名，提出了28個新屬和3個新科。hGMB代表了全球人類腸道16S rRNA基因擴增子數(shù)據(jù)（n=11647）中80%以上的常見和優(yōu)勢人類腸道微生物屬和種。
目前，eHOMD共包括775種微生物，其中687種來自HOMD 14.51版，88種是根據(jù)口外空氣消化道微生物群的公開可用數(shù)據(jù)在本次擴展中添加的。在所有物種中，57%是正式命名的，13%是未命名的（但可人工培養(yǎng)），30%是無人工培養(yǎng)型。eHOMD將序列數(shù)據(jù)與表型、系統(tǒng)發(fā)育、臨床和文獻信息聯(lián)系起來，共有2074個口腔/鼻腔基因組，代表529個分類群（占所有分類群的67%，占培養(yǎng)分類群的95%）。目前可在eHOMD上獲得，并帶有注釋，可在基因組瀏覽器軟件中查看。作為HOMD項目、人類微生物組項目和其他測序項目的一部分確定的空氣消化道細菌的基因組序列將在可用時添加到eHOMD中。更新時間為2020-11-13?版本V9.14。
4.?小鼠腸道微生物資源庫（mouse gut microbe biobank, mGMB）
包括126種微生物及其基因組。該小鼠菌株資源庫覆蓋了超過88%小鼠腸道的核心屬，其基因組代表了超過52%的小鼠腸道微生物的非冗余功能基因集。該資源庫的構(gòu)建使得可培養(yǎng)的小鼠腸道微生物菌株資源從48個屬增加到110個屬、從76個種增加到180個種。
文章發(fā)表信息
地址：https://www.nature.com/articles/s41467-019-13836-5
表2.全長擴增子物種水平注釋率統(tǒng)計
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[2]?Escapa I F , ?Chen B T , ?Huang B Y , et al. New Insights into Human?Nostril Microbiome from the Expanded Human Oral Microbiome Database (eHOMD): a Resource for the Microbiome of the Human Aerodigestive Tract.
文獻下載：https://international.biocloud.net/zh/article/detail/30534599
[3] Ilias L , P Rüdiger, Birte A , et al. The Mouse Intestinal Bacterial Collection (miBC): Host-Specific Insight into Cultivable Diversity and Genomic Novelty of the Mouse Gut Microbiome. 2016.
文獻下載：https://international.biocloud.net/zh/article/detail/27670113
[4]?Liu, C., Zhou, N., Du, MX. et al. The Mouse Gut Microbial Biobank expands the coverage of cultured bacteria. Nat Commun 11, 79 (2020).
文獻下載：https://international.biocloud.net/zh/article/detail/31911589
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