隨著代謝組學(xué)的飛速發(fā)展，分析技術(shù)的不斷更新，鑒定到的代謝物在數(shù)據(jù)量和種類(lèi)上也在以“5G”的速度不斷累積。面臨這樣龐大又復(fù)雜的代謝物數(shù)據(jù)，搞清楚他們是什么、發(fā)揮什么作用至關(guān)重要。今天，小編就給大家介紹兩個(gè)代謝組學(xué)常見(jiàn)的代謝組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)—Pubchem和KEGG，并手把手教大家如何利用這些數(shù)據(jù)庫(kù)認(rèn)識(shí)我們的代謝物。
Pubchem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/），它是NCBI下的一個(gè)大型的、綜合性的化合物數(shù)據(jù)庫(kù)，目前收錄了1億多種化合物信息，支持名稱(chēng)、縮寫(xiě)、化學(xué)式、系統(tǒng)命名等多種方式檢索，其結(jié)果包含了化合物的各種命名、相關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫(kù)信息、結(jié)構(gòu)、分類(lèi)、理化性質(zhì)、文獻(xiàn)、質(zhì)譜圖等多種信息。其中頁(yè)面開(kāi)頭的摘要部分可快速了解到該物質(zhì)的特性、生物功能等信息，根據(jù)提供的文獻(xiàn)信息可幫助我們了解目前的研究情況。今天小編以“癸酸”為例教大家如何快速了解一個(gè)陌生的代謝組化合物。首先我們?cè)谥黜?yè)搜索欄中輸入癸酸英文名Decanoic acid，點(diǎn)擊搜索后會(huì)得到多個(gè)結(jié)果，置頂?shù)囊话銥樽罴哑ヅ?，這里是完全一致的，可以確認(rèn)就是這個(gè)結(jié)果。
點(diǎn)擊名稱(chēng)可打開(kāi)詳情頁(yè)面，網(wǎng)頁(yè)開(kāi)頭的總結(jié)部分展示了化合物的ID、化學(xué)結(jié)構(gòu)、分子式、同義詞、簡(jiǎn)介等信息，閱讀簡(jiǎn)介可快速了解到它是一種脂肪酸，具有抗菌、消炎等作用，是人體和植物中都存在的代謝物。此外右側(cè)導(dǎo)航條列出了多種信息方便快速跳轉(zhuǎn)。
接下來(lái)，我們可能想找到這個(gè)化合物對(duì)應(yīng)的KEGG注釋信息，這里介紹兩種快速簡(jiǎn)單的方法：一種是點(diǎn)擊右側(cè)導(dǎo)航欄的Names and Identifiers（一般是第二項(xiàng)），在跳轉(zhuǎn)地方找到Depositor-Supplied Synonyms（可使用Ctrl+F輸入關(guān)鍵詞搜索）同義詞列表，了解KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的熟手可以一眼找到對(duì)應(yīng)的KEGG ID為C01571。
不能快速定義上述方法中的KEGG ID的也沒(méi)關(guān)系，我們可以直接在頁(yè)面搜索關(guān)鍵詞“KEGG”，很快就找到了（下圖）：
點(diǎn)擊上述找到的鏈接（上圖箭頭）就看到其ID為C01571。
對(duì)于想找其他數(shù)據(jù)庫(kù)的信息，也可采取上述的方法。
前文提到的KEGG（https://www.genome.jp/kegg/compound/）數(shù)據(jù)庫(kù)相信大家都不陌生，它是日本京都大學(xué)和東京大學(xué)聯(lián)合開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù)。它有一個(gè)化合物庫(kù)，記錄了與通路相關(guān)的化合物，其化合物ID以C開(kāi)頭，百邁客的分析結(jié)果提供了這個(gè)信息。這里我們將上述得到的C01571進(jìn)行檢索：
點(diǎn)擊結(jié)果（上圖箭頭）就可以看到具體代謝物的信息，表格中展示了名稱(chēng)、分子式、結(jié)構(gòu)、化學(xué)反應(yīng)、通路、酶等多種信息，查看通路信息可知道其參與了脂肪酸合成，點(diǎn)擊通路map00061可跳轉(zhuǎn)查看其在通路圖中的具體位置。
如果做了其他組學(xué)分析，如轉(zhuǎn)錄組分析，可將差異基因所富集的通路、代謝富集的通路及相關(guān)聯(lián)的上下游通路聯(lián)合起來(lái)推測(cè)影響代謝物的基因，有助于基因功能的研究哦！
通過(guò)前面的檢索頁(yè)面我們會(huì)發(fā)現(xiàn)相同的代謝物在不同數(shù)據(jù)庫(kù)的ID不一樣，不要慌，小編給大家推薦一個(gè)好用的ID轉(zhuǎn)換網(wǎng)站：http://cts.fiehnlab.ucdavis.edu/batch。這個(gè)網(wǎng)站支持多種數(shù)據(jù)庫(kù)，而且可以批量哦！。以C01571（類(lèi)型為KEGG）為例，查詢(xún)其CAS和HMDB信息，見(jiàn)下圖：
點(diǎn)擊covert可得到轉(zhuǎn)換的信息，還可下載列表保存。真是方便又實(shí)用！
好啦~小編的入門(mén)介紹就到這了。通過(guò)這些數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)單搜索就可讓我們大致了解代謝物的基本信息和生物功能，還等什么，趕緊動(dòng)起手來(lái)了解你身邊陌生的代謝物吧！
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