鄭洪坤：“云模式”引領(lǐng)基因科技服務(wù) 2.0 時代

生物信息和科技服務(wù)行業(yè)正在經(jīng)歷從1.0時代向2.0時代的變遷。在這個變遷的浪潮下，生物科研工作者，科技服務(wù)從業(yè)人員都面臨著哪些挑戰(zhàn)和機(jī)遇？從業(yè)十五年的百邁客CEO鄭洪坤認(rèn)為：云模式，才是打開基因科技服務(wù)2.0時代的正確方式。

 

基因科技服務(wù)1.0時代：測序數(shù)據(jù)少，分析以標(biāo)準(zhǔn)分析為主且主要由服務(wù)公司完成

 

我很有幸一入行就進(jìn)入了生物信息行業(yè)，到現(xiàn)在算起來也有15年了。這些年見證了生物信息和科技服務(wù)行業(yè)的發(fā)展?？萍挤?wù)在一代測序時代就存在，爆發(fā)式發(fā)展是從二代測序開始之后，隨著二代測序進(jìn)入市場，測序價格大幅下降，二代測序被更多的科研工作者應(yīng)用。科技服務(wù)的模式的初期，由于測序數(shù)據(jù)少，科學(xué)家們選擇一些有特點(diǎn)的物種、品種或者性狀進(jìn)行測序，數(shù)據(jù)稍加分析就可以得到讓科研工作者為之興奮的結(jié)果，科研的創(chuàng)新度較高，發(fā)文章的概率也高，因此大大激發(fā)了科研人員用測序技術(shù)做研究的熱情。這個測序數(shù)據(jù)較少，分析要求不高且分析工作單純的由服務(wù)公司來做的階段可以定義為“科技服務(wù)1.0時代”。

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基因科技服務(wù)2.0時代：PB級公共數(shù)據(jù)、云端可視化自主分析的基因大數(shù)據(jù)挖掘時代

 

隨著技術(shù)的不斷發(fā)展，測序成本越來越低，數(shù)據(jù)也越測越多，已經(jīng)提交到NCBI SRA數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)就已經(jīng)達(dá)到12P以上。特別是人、水稻、小鼠、玉米、豬、牛、大豆等一些重要物種數(shù)據(jù)積累的數(shù)量巨大，而且持續(xù)保持著高速增長。其中蘊(yùn)含的巨大價值也開始引起廣大科研工作者的興趣，同時科技服務(wù)1.0模式中的數(shù)據(jù)挖掘程度已經(jīng)不能滿足科研的需求，科學(xué)家對數(shù)據(jù)做更深入挖掘的需求越來越高，需要更多探索性的、個性化的分析，以從眾多同質(zhì)化的科研項目中脫穎而出。

圖1.公共數(shù)據(jù)逐年增長情況

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圖2.Top10公共數(shù)據(jù)分類（單位：Tbases）

數(shù)據(jù)分析要求變高，對科技服務(wù)類公司無疑是個大的挑戰(zhàn)。首先，對科研數(shù)據(jù)的深入挖掘往往涉及到更深層次的科學(xué)問題，個性化程度極強(qiáng)，這就要求生物信息人員不但要掌握生信專業(yè)知識和技能，還有有相對豐富的生物學(xué)知識，才能真正理解科學(xué)家的需求，對服務(wù)人員的要求大大提高；其次，由于科研工作本身探索的就是未知領(lǐng)域，存在相當(dāng)?shù)牟淮_定性，數(shù)據(jù)分析的結(jié)果不一定和科學(xué)家最初的科研設(shè)計一致，會導(dǎo)致科學(xué)家對服務(wù)公司的滿意度不高。因此科研工作者開始不斷的換公司進(jìn)行嘗試，隨著小公司的不斷涌現(xiàn)，稂莠不齊，科技服務(wù)市場也越來越混亂。數(shù)據(jù)分析同質(zhì)化嚴(yán)重，數(shù)據(jù)深入挖掘程度不足，溝通效率低，分析成本高等開始制約科技服務(wù)行業(yè)的發(fā)展。因此必須通過變革，用一種新的更高效的模式來逐步優(yōu)化現(xiàn)有的科技服務(wù)模式。

因此很多人都想到搭建生物云平臺，在云端放上需要的軟件，放上需要的數(shù)據(jù)，讓科研工作者可以自己去分析，可以根據(jù)自己的需求去做深入數(shù)據(jù)挖掘，提高科研效率。有不少公司開發(fā)了生物云平臺，但是能被科研工作者所廣泛應(yīng)用卻不是一個容易的事情。

適合生物科研工作者的云平臺必需具備以下四點(diǎn)要求：首先，需要對客戶數(shù)據(jù)分析需求有深入的了解，這就需要有非常豐富的的分析經(jīng)驗，并且可以在現(xiàn)有科技服務(wù)模式上不斷提煉客戶新的需求；其次，要保障所用軟件數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性，就需要豐富的實(shí)踐經(jīng)驗，需要有多年、成千上萬項目的積累；再次，要讓生物信息開發(fā)和IT開發(fā)“兩手抓，兩手都要硬”，即要保證云計算底層架構(gòu)是符合基因大數(shù)據(jù)研究的需要，也要保障生物信息軟件符合IT開發(fā)的高要求，可視化并簡單易用的；最后，要有符合當(dāng)前客戶特點(diǎn)的培訓(xùn)體系，讓客戶能快速上手操作，在平臺上能夠很容易找到實(shí)現(xiàn)自己需求的分析工具和數(shù)據(jù)。

如此“高配”的要求，正是導(dǎo)致之前開發(fā)的一些云平臺不能為科研工作者所用的真正原因。這些平臺，要么里面只有標(biāo)準(zhǔn)化流程，客戶想要解決的深入挖掘問題不能實(shí)現(xiàn)，要么只是各種軟件疊加上去，客戶看著無從下手；又或者只是在云計算的底層做了大量開發(fā)，而應(yīng)用層開發(fā)不到位，導(dǎo)致客戶根本不會用。

 

“百邁客云”使以上問題得到破解。百邁客8年的科技服務(wù)經(jīng)驗中提煉出的客戶需求，數(shù)以萬計的項目分析經(jīng)驗保證了分析的準(zhǔn)確性，生物信息人才和計算機(jī)人才團(tuán)隊的超融合，多年生物信息培訓(xùn)班等知識傳播經(jīng)驗為百邁客云平臺的開發(fā)和應(yīng)用提供了有力的保障。從而使云平臺能夠更好的滿足客戶數(shù)據(jù)深入挖掘的需求，能夠在科研工作者中廣泛推廣和輕松使用。這種模式讓我們的研究人員有更多的精力去把握科學(xué)技術(shù)前沿發(fā)展，設(shè)計科研的思路，不用擔(dān)心生物信息和IT的技術(shù)問題，真正實(shí)現(xiàn)了我們一直以來希望的客戶通過云平臺自己做分析，相比科技服務(wù)1.0模式是一個顛覆性的變革，“授人以魚不如授人以漁”，這種可以讓生物學(xué)家在云端對自有數(shù)據(jù)結(jié)合PB級公共數(shù)據(jù)自主進(jìn)行可視化、交互式基因大數(shù)據(jù)挖掘的科技服務(wù)模式我把它定義為“科技服務(wù) 2.0 時代”。

 

百邁客云，讓每個課題組都輕松具備生信分析能力，引領(lǐng)基因科技服務(wù)2.0時代

圖3.基因科技服務(wù)2.0時代

百邁客云提供了“云服務(wù)”和“云賬號”兩種模式。 “云服務(wù)”是測序分析的項目以“云服務(wù)”的模式開展，所有的項目數(shù)據(jù)都會推送到云上，標(biāo)準(zhǔn)分析都由技術(shù)人員完成，項目相關(guān)的數(shù)據(jù)深入挖掘和個性化分析部分由技術(shù)人員帶領(lǐng)客戶在云上進(jìn)行，客戶也可以自主在云端進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，簡單來說就是數(shù)據(jù)分析科研人員想自己做就自己做，不想自己做就交給公司做，這種模式能夠解決服務(wù)公司售后個性化分析期限的問題，科研人員可以在云上進(jìn)行分析，直到文章的發(fā)表；“云賬號”主要針對做過或熟悉高通量測序，手里有一些沒有完全挖掘的數(shù)據(jù)，還想充分利用公用數(shù)據(jù)的用戶，經(jīng)過簡單的培訓(xùn)后，就可以在云平臺上自主分析數(shù)據(jù)，多種分析軟件都可以使用，深入挖掘自己以前的所有項目數(shù)據(jù)，也可以利用NCBI等公共數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘研究，課題組的多個成員可以同時開展多個項目，提高研究的效率。

科技服務(wù)2.0時代對科研工作者是一個新的機(jī)遇。對于科研經(jīng)費(fèi)相對充足的科學(xué)家，自己往往做較多的測序項目，以云模式進(jìn)行分析能節(jié)省大量的分析經(jīng)費(fèi)，提高經(jīng)費(fèi)的使用效率，產(chǎn)出更多科研成果。對于科研經(jīng)費(fèi)相對不太充裕的科學(xué)家，可以通過充分利用公共數(shù)據(jù)進(jìn)行科學(xué)研究，節(jié)省了不必要的測序費(fèi)用，用云模式同樣可以產(chǎn)出豐碩的科研成果。

百邁客云從2013年開始開發(fā)，經(jīng)過小伙伴們2年多的開發(fā)和內(nèi)部外部測試，以每周一個新版本的迭代速度于2015年正式邁入市場，成為針對生命科學(xué)家的“Turn-key?BioCloud”，2016年開始全國推廣。百邁客云得到了像中國科學(xué)院院士陳潤生院士、中科院基因組所于軍研究員、北京大學(xué)羅靜初教授等中國生物信息領(lǐng)域的權(quán)威專家的大力支持和幫助。百邁客云日臻完善，可以開放的讓科研工作者來體驗和使用，目前已經(jīng)有上萬科研用戶注冊使用，開啟了云端自主數(shù)據(jù)深入挖掘的新時代。得到廣大科研用戶的肯定是對我們最大的鼓勵，百邁客“云模式”將持續(xù)迭代開發(fā)，繼續(xù)引領(lǐng)科技服務(wù)2.0時代，更好的服務(wù)于科研工作者，加速科研創(chuàng)新，“成就客戶”是我們服務(wù)的理念，讓每一個課題組都具備生物信息分析能力，讓每一位科學(xué)家能從百邁客云模式中受益。