高通量測序大數據的積累讓科學研究的蓬勃發(fā)展，不完全統(tǒng)計，截止2021年，SRA的數據已達40P以上。研究學者對數據的理解也越來越深入，思路大大開拓。孤立的單個項目的數據分析形式越來越不能滿足科研的需要，基因大數據的價值已經在很多方面超越了自己新測序項目的產出。但是目前已發(fā)表的高通量測序數據利用率仍然不高，很多有價值的信息被研究者所忽略。結合公共數據，可以探究某一類基因在不同處理、不同組織、不同發(fā)育時間點等變化規(guī)律，增加結果可靠性，深入挖掘關鍵基因家族功能信息。另外，再mRNA-ncRNA聯合分析中，利用公共數據補充其中一種類型的RNA測序數據也是不錯的選擇。
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文章一
英文題目：Identification of Rhythmically Expressed lncRNAs in the Zebrafish Pineal Gland and Testis
中文題目：斑馬魚松果體和睪丸中節(jié)律性表達的lncRNAs的鑒定
期刊：International Journal of Molecular Sciences
IF：5.923
實驗材料：
測序數據：LD(14hL/10hD)條件下的3個月大的野生型斑馬魚精巢，48h內每間隔4h取樣，共12個時間節(jié)點，每個節(jié)點設置2個重復（測序分析工作由百邁客生物支持完成）
公共數據：持續(xù)黑暗條件下成年轉基因斑馬魚松果體，兩個連續(xù)的12h內，每間隔4h取樣，共12個時間節(jié)點
研究背景：
生物鐘已經用各種模式生物進行了研究，如果蠅和斑馬魚，斑馬魚模型的易獲得性以及它的幼魚、細胞、組織和器官是可光攜帶的特點為研究光輸入通路提供了機會。松果體是直接負責合成褪黑激素的組織，精巢是一個重要的參與多個生物學功能的器官，如產生配子和循環(huán)雄激素，但是已有研究對于精巢中是否存在生物鐘仍存在爭議。已有很多研究表明lncRNAs在晝夜調節(jié)終發(fā)揮重要作用，雖然這些研究推動了對lncRNAs的理解，但在預測非編碼RNA基因的功能方面尚未取得顯著進展。特別是，節(jié)律性表達的lncRNAs與其編碼的多肽之間是否存在直接關系尚不清楚。本研究首次對斑馬魚精巢、松果體中的lncRNAs進行了全面、連貫的比較分析。
研究結論：
本研究在斑馬魚中發(fā)現了700多個節(jié)律性表達的lncRNAs，并首次比較了松果體和睪丸之間節(jié)律性表達的lncRNAs。表達的lncRNAs分為晨組、晚組和夜組，我們認為，上午、晚上和夜間的lncRNAs應分別通過E-box、D-box或RORE受到晝夜時鐘的調控。正如預期的那樣，全面的啟動子分析支持了這樣的假設，即早上、晚上和晚上的lncRNAs可能分別受到E-box、D-box和RORE元件的調控。作者還發(fā)現松果體和精巢共同表達的有14種lncRNAs。跨物種保守分析顯示，許多斑馬魚松果體和精巢的節(jié)律表達lncRNAs在人類和小鼠中有著密切的相似性，但它們中似乎沒有一個與果蠅中的任何一個lncRNAs密切相關。此外，一些lncRNAs含有具有編碼多肽的潛力的sORF。作者在松果體和精巢中發(fā)現了18個節(jié)律表達的lncRNAs，編碼數百個肽段，其中包括6個在斑馬魚、小鼠和人類中保守的lncRNAs編碼的微肽。作者對這六個多肽的三維結構進行了計算預測，其中5個的三維模型顯示了高度保守的α-螺旋、β-鏈和隨機卷曲，在蛋白質數據庫中具有已知的結構域。本研究結果為斑馬魚松果體和精巢中數百種節(jié)律表達的lncRNAs提供了新的注釋和調控機制，并為他們在不久的將來的實驗研究奠定了基礎。
文章二
英文題目：Hundreds of lncRNAs Display Circadian Rhythmicity in Zebrafish Larvae
中文題目：數百種lncRNA在斑馬魚幼魚中顯示晝夜節(jié)律性
期刊：Cells
IF：6.600
實驗材料：
野生型AB品系斑馬魚交配產生的幼魚在正常光/暗(LD,14/10 h)的條件下，激活和引導晝夜節(jié)律系統(tǒng)，然后轉入恒定光照(LL)或恒定黑暗(DD)環(huán)境。在DD條件下，利用微弱的紅色手電筒在黑暗中采集樣品。所有樣品均在2分鐘內采集。
在恒定黑暗或恒定光照條件下，從受精120h后，每4小時從大約50只野生型幼魚中提取總RNA，共6個時間點，12組樣本。（測序分析工作由百邁客生物支持完成）
研究背景：
生物鐘是一種內源性的時間保持機制，調節(jié)獨特的24小時代謝、生理和行為節(jié)奏。生物鐘失靈與健康問題密切相關，如睡眠障礙、精神疾病和癌癥。斑馬魚幼蟲是透明的，受精后幾天不需要喂食，因此而產生的混雜效應是可以避免的，因此斑馬魚幼魚可以獨立于進食來研究晝夜節(jié)律。之前斑馬魚松果體和精巢的研究發(fā)現26個節(jié)律性表達的lncRNAs在兩個器官中被證明是共同表達的，作者假設一些lncRNAs在斑馬魚幼魚中也有節(jié)律性表達，使用高通量測序第一次對斑馬魚幼魚數百個晝夜表達的lncRNAs進行系統(tǒng)研究。
研究結論：
在本研究中，作者生成了斑馬魚幼魚的時間表達轉錄本圖譜，揭示了調控斑馬魚幼魚lncRNAs表達譜的晝夜動態(tài)。本研究發(fā)現了3220個lncRNAs在DD和LL條件下的表達譜，鑒定了578個周期表達的lncRNAs，并使用GO、COG和KEGG途徑富集分析對其進行注釋，結果表明，大多數這些節(jié)律表達的幼魚lncRNAs可能參與了關鍵的生物學過程。通過比較來自松果體和精巢的lncRNAs，發(fā)現9個(DD)和12個(LL)幼魚lncRNAs分別在斑馬魚松果體和精巢中共同表達，在這些共表達的lncRNAs編碼的多肽中，發(fā)現3個多肽(DD)和1個多肽(LL)具有蛋白質數據庫中已知的結構域。作者研究了這些共表達的lncRNAs編碼的多肽，以預測它們的3D模型和功能。此外，對人類、小鼠和果蠅的幼魚lncRNAs進行了保守分析，發(fā)現斑馬魚幼魚在DD和LL條件下分別與人類共享35和42個lncRNAs，與小鼠共享1個和4個lncRNAs。作者選擇了這三個物種共享的5種節(jié)律表達的lncRNAs進行編碼性研究，發(fā)現了這5種lncRNAs編碼的數百種多肽，對這些保守肽研究了它們的三維模型和相應的已知結構域，發(fā)現在α-螺旋、β-鏈和隨機卷曲方面具有相似性。這些結果將幫助晝夜節(jié)律生物學家選擇晝夜表達的lncRNA，以進行進一步的功能研究。
通過以上兩篇文章，我們不難發(fā)現，通過測序數據結合公共數據，相同的研究切入點從不同的材料出發(fā)也可以獲得豐富得研究結論。這樣不僅可以發(fā)揮沉積得公共數據的使用價值，不讓它成為沉睡的數據垃圾，也可以讓靈活開放的研究思路以高性價比得方式高效實現。正值年末，百邁客轉錄組系列產品促銷活動火熱進行中，無論是測序還是分析，價格優(yōu)惠，歡迎垂詢~
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