2020年11月，百邁客和成都中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院檢驗(yàn)科合作文章“Correlation between alterations of gut microbiota and miR-122-5p expression in patients with type 2 diabetes mellitus”發(fā)表于期刊Annals of Translational Medicine（IF：3.279）。作者利用16s全長(zhǎng)微生物多樣性技術(shù)和miRNA測(cè)序技術(shù)，解析了II型糖尿病患者腸道菌群改變與miR-122-5p表達(dá)的相關(guān)性。其中miRNA數(shù)據(jù)差異及功能分析、16s全長(zhǎng)微生物多樣性測(cè)序分析等由百邁客完成，此外百邁客業(yè)務(wù)還包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、空間轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞ATAC&GEX、單細(xì)胞免疫組庫(kù)等，有興趣的老師可以聯(lián)系當(dāng)?shù)劁N售。
導(dǎo)讀
研究背景
II型糖尿?。═2DM）是世界范圍內(nèi)的主要公共衛(wèi)生問題。目前，全球估計(jì)有3.66億人患有II型糖尿??；這一數(shù)字到2030年預(yù)計(jì)將達(dá)到4.22億，到2045年將增至7億。其中90%以上的病例是T2DM。II型糖尿病是一種代謝性疾病，其特征是胰島素分泌缺陷和/或由于胰島素抵抗引起的慢性高血糖。
II型糖尿病影響生理生化活動(dòng)的所有領(lǐng)域，包括遺傳學(xué)、代謝組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)。目前，血糖監(jiān)測(cè)是T2DM的主要診斷方法，T2DM發(fā)生的發(fā)病機(jī)制尚未完全闡明。目前還沒有能夠改善胰島功能的特殊治療方法，因此預(yù)防和早期診斷至關(guān)重要。闡明T2DM初期宿主體內(nèi)各種復(fù)雜的相互作用機(jī)制，迫切需要新的思路和策略來(lái)確定T2DM的關(guān)鍵治療靶點(diǎn)。
腸道微生物群是宿主胃腸道中的一個(gè)極其龐大的微生物群，它可以與人類共同進(jìn)化并控制營(yíng)養(yǎng)吸收和能量轉(zhuǎn)換，形成和調(diào)節(jié)腸粘膜屏障，并協(xié)助腸道免疫防御系統(tǒng)維持體內(nèi)平衡。腸道微生物群與宿主之間共生關(guān)系的破壞可能導(dǎo)致代謝性疾病的發(fā)生，如T2DM。MicroRNAs（miRNAs）是一類非編碼單鏈分子，其表達(dá)具有組織特異性和發(fā)育調(diào)控性。miRNA已被證明與廣泛的生理和病理過(guò)程密切相關(guān)。miRNAs的主要功能是通過(guò)切割靶基因轉(zhuǎn)錄物或結(jié)合靶信使RNA（mRNAs）的3′-UTR來(lái)負(fù)向調(diào)控基因表達(dá)，從而在轉(zhuǎn)錄后水平上抑制mRNA翻譯。
越來(lái)越多的證據(jù)表明，腸道微生物群的失衡和miRNA表達(dá)水平的變化參與了人類疾病的發(fā)生和發(fā)展；兩者都可能作為各種疾病的觸發(fā)因素。然而，由于缺乏系統(tǒng)的臨床人群研究，這種相互作用在T2DM病理生理機(jī)制中的作用尚未得到很好的評(píng)估。
結(jié)論
作者選擇II型糖尿病患者和正常對(duì)照組，使用16S全長(zhǎng)微生物多樣性技術(shù)分析兩組腸道微生物群的變化，并使用miRNA高通量測(cè)序篩選兩組之間miRNA的差異表達(dá)。與正常對(duì)照組相比，T2DM患者的HAlbc、FBG、TG、TC、LDL、HDL和胰島素的生化指標(biāo)有顯著性差異（分別為P<0.001、P<0.001、P=0.0125、P=0.98、P<0.001、P=0.022和P=0.0013）。這兩組人的腸道微生物群分布和miRNA表達(dá)特征也有顯著差異。研究發(fā)現(xiàn)了初步診斷為T2DM患者的腸道微生物群和miRNA特征：miR-122-5p與腸道細(xì)菌類群（Bacteriodes. uniformis and Phascolarctobacterium. Faecium）呈負(fù)相關(guān)。這個(gè)發(fā)現(xiàn)提示miRNA和腸道微生物群之間的相互作用可能通過(guò)控制T2DM發(fā)展過(guò)程中葡萄糖代謝的關(guān)鍵基因來(lái)調(diào)節(jié)胰島素分泌和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)。
英文題目：Correlation between alterations of gut microbiota and miR-122-5p expression in patients with type 2 diabetes mellitus.
中文題目：II型糖尿病患者腸道菌群改變與miR-122-5p表達(dá)的相關(guān)性研究
期刊：Annals of Translational Medicine
IF：3.279
發(fā)表時(shí)間：2020.11
作者：Lisha Li
材料與方法
材料：腸道微生物：糞便標(biāo)本取自正常對(duì)照組（n=30）和T2DM組（n=30）的受試者；
miRNA測(cè)序：5名T2DM患者和5名正常對(duì)照的循環(huán)血漿
Keywords：PB-MCD；miRNA-seq
實(shí)驗(yàn)結(jié)果
一、腸道微生物群16s rRNA的全長(zhǎng)微生物多樣性分析結(jié)果
從測(cè)序的60個(gè)樣本中，共獲得514080個(gè)CCS序列。每個(gè)樣本產(chǎn)生至少428個(gè)CCS序列，平均8568個(gè)CCS序列。兩組的OTU數(shù)量、chao和ACE指數(shù)在統(tǒng)計(jì)學(xué)上存在顯著差異（分別為P=0.01、0.007和0.037），這表明T2DM可能引起腸道微生物多樣性的變化。Shannon和Simpson指數(shù)分析表明，測(cè)序深度足以捕獲所有細(xì)菌物種，樣本具有代表性。通過(guò)分析α多樣性和β多樣性，初步解釋了兩組間差異的構(gòu)成。在門水平上，厚壁菌、類桿菌、變形菌和放線菌是這兩組腸道微生物群的優(yōu)勢(shì)種，且比例相對(duì)較高。在正常對(duì)照組中，厚壁菌、類桿菌和變形菌分別占腸道微生物群的40.5%、45.1%和18.7%，而在T2DM組中，分別占47.4%、25.8%和21.4%。在T2DM組，類桿菌作為優(yōu)勢(shì)菌群的差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P=0.0049），類桿菌與厚壁菌的比例降低。LEfSe分析確定了兩組之間53種顯著不同的物種（生物標(biāo)記物篩選標(biāo)準(zhǔn)：LDA評(píng)分>4，P<0.05）（圖1B，C）。不同腸道微生物群水平與基本指標(biāo)之間相關(guān)性的CCA典型相關(guān)分析結(jié)果如圖1D所示。
圖1
二、miRNA高通量測(cè)序分析結(jié)果
通過(guò)miRNA高通量測(cè)序分析，從所有樣本中獲得4542個(gè)miRNA，包括1913個(gè)已知的miRNA和2629個(gè)新預(yù)測(cè)的miRNA。正常對(duì)照組新預(yù)測(cè)的miRNA數(shù)量顯著高于T2DM組。使用火山圖篩選了405個(gè)組間差異表達(dá)的循環(huán)miRNA，并排除了檢測(cè)不到的miRNA和非人類miRNA。與對(duì)照組相比，新診斷T2DM組88個(gè)miRNA的表達(dá)顯著下調(diào)，22個(gè)miRNA的表達(dá)顯著上調(diào)（圖2A）。篩選出9個(gè)在T2DM組有顯著差異表達(dá)的候選miRNA；其中包括顯著下調(diào)的miR-1225p、miR-193a、miR-3151、miR-582-3p和miR-184，以及上調(diào)的miR-200a-3p、miR-487A、miR-34c-3p和miR-449a。
圖2
三、關(guān)聯(lián)分析
通過(guò)行Spearman相關(guān)分析。圖2B顯示了一個(gè)熱圖，描繪了五個(gè)與某些微生物區(qū)系具有統(tǒng)計(jì)顯著正相關(guān)和負(fù)相關(guān)的miRNA（P<0.05）。在這五種miRNA中，miR-122-5p在哺乳動(dòng)物的進(jìn)化過(guò)程中高度保守，與八種腸道細(xì)菌相關(guān)，包括兩種腸道細(xì)菌B.uniformis和P.faecium，它們有顯著差異（分別為P=0.023和0.031）。
四、生物信息學(xué)預(yù)測(cè)結(jié)果
作者利用PICRUSt軟件獲得與OTU相對(duì)應(yīng)的KEGG信息（圖3A）。觀察到腸道細(xì)菌功能基因代謝途徑的一些差異，如B.uniformis、B.plebeius、B.taiotaomicron、P.faecium和 Faecalibacterium.sp。這些腸道細(xì)菌在氨基酸、碳水化合物、多糖、維生素、輔助因子、膜轉(zhuǎn)運(yùn)和能量轉(zhuǎn)換的代謝中起著重要的調(diào)節(jié)作用。由于正常對(duì)照組和II型糖尿病組之間的B.uniformis 和P.faecium存在顯著差異，因此對(duì)腸道微生物群和血液指標(biāo)進(jìn)行了CCA分析，結(jié)果表明B.uniformis 和 P.faecium與胰島素、FBG、LDL和TG呈負(fù)相關(guān)。
接下來(lái)，使用TargetScan軟件預(yù)測(cè)miR122-5p靶基因。共預(yù)測(cè)了226個(gè)靶基因。通過(guò)GO富集分析（圖3B）。針對(duì)與背景相關(guān)的目標(biāo)基因，獲得了45條具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P<0.01）的生物對(duì)應(yīng)代謝途徑（圖3C）。發(fā)現(xiàn)miR-122-5p在糖代謝相關(guān)信號(hào)通路中顯著富集（P<0.01），包括糖異生和糖酵解途徑。調(diào)控信號(hào)通路的靶基因包括葡萄糖6-磷酸酶（G6PC）、G6PC3、PDK、KAT2A和許多其他基因；這些基因已被證明對(duì)糖代謝和能量代謝有直接的調(diào)節(jié)作用。此外，顯著富集的HIF信號(hào)通路還涉及多個(gè)miR-122-5p靶基因。HIF信號(hào)通路已被證明與葡萄糖產(chǎn)生酶基因的表達(dá)有關(guān)，如Pepck、G6PC和葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白2（GLUT2），它們可以通過(guò)增加GLUT1攝取的表達(dá)促進(jìn)細(xì)胞代謝，并上調(diào)PDK和其他酶的表達(dá)以增加糖酵解。
圖3
討論
研究數(shù)據(jù)顯示，新診斷的II型糖尿病患者具有特定的腸道微生物群分布和miRNA表達(dá)特征，一些顯著不同的miRNA與某些微生物群呈統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著正相關(guān)或負(fù)相關(guān)（P<0.05）。以此可以推斷，這些miRNA可能作為細(xì)菌基因轉(zhuǎn)錄和生長(zhǎng)的選擇性調(diào)節(jié)因子，促進(jìn)宿主對(duì)腸道微生物群的控制。其中，miR-122-5p在哺乳動(dòng)物進(jìn)化中高度保守，并與多種腸道細(xì)菌顯著相關(guān)，包括T2DM前后顯著不同的兩種腸道細(xì)菌。
miR-122-5p在脊椎動(dòng)物肝臟發(fā)育過(guò)程中持續(xù)表達(dá)并高度保守，在肝臟葡萄糖和脂質(zhì)代謝的內(nèi)穩(wěn)態(tài)中起著至關(guān)重要的作用。在本研究對(duì)miR-122-5p靶基因集的生物信息學(xué)分析中，發(fā)現(xiàn)許多信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑與糖代謝途徑密切相關(guān)，包括糖異生和糖酵解途徑。這些途徑與參與糖代謝的關(guān)鍵基因G6PC、PEPCK、PDK、KAT2A和GLUT2相關(guān)。
綜上所述，作者的研究揭示了T2DM患者發(fā)病前后宿主腸道微生物群和miRNA的不同表達(dá)特征。在miRNA和腸道微生物之間存在相互關(guān)聯(lián)的循環(huán)的前提下，有理由相信miR-122-5p和B.uniformis在調(diào)節(jié)糖異生基因和胰島素信號(hào)傳遞的過(guò)程中相互調(diào)節(jié)，在控制糖代謝和胰島素分泌的內(nèi)環(huán)境平衡中發(fā)揮權(quán)威作用。循環(huán)miRNA和腸道微生物群的串?dāng)_網(wǎng)絡(luò)是維持宿主身體穩(wěn)定和狀態(tài)的一種方式，以及形成另一種調(diào)節(jié)T2DM的機(jī)制。然而，還需要進(jìn)一步研究確定參與糖代謝的基因，這些基因由二者共同控制，以及影響胰島細(xì)胞功能和胰島素合成與分泌的特定信號(hào)通路。因此，考慮到T2DM發(fā)病率持續(xù)增加和缺乏特異性治療，腸道微生物群和miRNA作為潛在治療靶點(diǎn)的價(jià)值需要進(jìn)一步研究，以便在分子作用水平上獲得更有力的證據(jù)，并為T2DM的早期診斷和√確治療帶來(lái)新的機(jī)遇。
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