百邁客-第八屆全國(guó)功能基因組學(xué)高峰論壇 單細(xì)胞會(huì)場(chǎng) 完美落幕！

2021年10月20日，由北京百邁客生物科技有限公司主辦的“第八屆全國(guó)功能基因組學(xué)高峰論壇-單細(xì)胞分會(huì)場(chǎng)”線上直播會(huì)議完美落幕。
全國(guó)功能基因組學(xué)高峰論壇始于2014年，每年舉辦一屆，至今已成功舉辦八屆，累計(jì)邀請(qǐng)近800名專家學(xué)者進(jìn)行大會(huì)主題報(bào)告，7000余名與會(huì)科研人員、近百家大眾及行業(yè)合作伙伴、媒體朋友參加此盛會(huì)，在業(yè)界形成了較高的行業(yè)影響力和認(rèn)可度。

大會(huì)得到了各位專家、學(xué)者的大力支持，本次論壇單細(xì)胞分會(huì)場(chǎng)共邀請(qǐng)到北京大學(xué)湯富酬教授、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)曹罡教授、鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院血液科副主任醫(yī)師邊志磊研究員、南方科技大學(xué)鄒暢教授、浙江大學(xué)朱強(qiáng)遠(yuǎn)特聘研究員、百邁客單細(xì)胞事業(yè)部楊明濤總監(jiān)、華僑大學(xué)醫(yī)學(xué)院柯榮秦教授、浙江大學(xué)樊龍江教授、山東大學(xué)張曉魯教授、哈爾濱醫(yī)科大學(xué)陳秀杰教授、昆明理工大學(xué)陳凱教授、中科院生物物理所楊鵬遠(yuǎn)研究員等12名單細(xì)胞生物學(xué)、空間轉(zhuǎn)錄組科學(xué)家和業(yè)界技術(shù)專家嘉賓，共同分享了該領(lǐng)域的新進(jìn)展和未來(lái)愿景。

大會(huì)報(bào)告盛況

峰會(huì)伊始，由百邁客培訓(xùn)部資深主持人郭艷艷帶來(lái)了此次盛會(huì)的報(bào)告嘉賓介紹，此次單細(xì)胞峰會(huì)論壇很榮幸邀請(qǐng)到了12名單細(xì)胞空間多組研究領(lǐng)域的專家和嘉賓，熱烈歡迎他（她）們的到來(lái)，共同分享了該領(lǐng)域的研究進(jìn)展和方向。

湯富酬教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

首先由北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物醫(yī)學(xué)前沿創(chuàng)新中心湯富酬教授作為開場(chǎng)嘉賓，湯老師的報(bào)告題目是：利用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)探索人類發(fā)育和疾病的奧秘。湯老師主要介紹了他們團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種基于第三代測(cè)序(TGS)平臺(tái)的新型scRNA-seq技術(shù)(通過(guò)納米孔平臺(tái)對(duì)全長(zhǎng)RNA進(jìn)行單細(xì)胞擴(kuò)增和測(cè)序，SCAN-seq)，SCAN-seq具有與基于NGS平臺(tái)的scRNA-seq方法相媲美的高靈敏度和√確性，發(fā)現(xiàn)SCAN-seq在確定單個(gè)細(xì)胞內(nèi)等位基因特異性基因表達(dá)模式方面具有很高的√確性。還開發(fā)了一種基于第三代測(cè)序平臺(tái)的單細(xì)胞全基因組測(cè)序(scWGS)方法，稱為SMOOTH-seq(通過(guò)轉(zhuǎn)座子插入擴(kuò)增長(zhǎng)片段的單分子實(shí)時(shí)測(cè)序)，評(píng)估了該方法在人類癌癥細(xì)胞系和結(jié)直腸癌樣本中檢測(cè)CNV、SV和SNV的性能，SMOOTH-seq可靠且有效地檢測(cè)單個(gè)細(xì)胞中的SV和ecDNA，推動(dòng)了基于TGS平臺(tái)的單細(xì)胞組學(xué)測(cè)序技術(shù)在生物醫(yī)學(xué)研究中的潛在應(yīng)用。

曹罡教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

聆聽完湯老師的報(bào)告是不是意猶未盡，接下來(lái)第二位出場(chǎng)報(bào)告嘉賓是華中農(nóng)業(yè)大學(xué)楚天學(xué)者特聘教授，曹罡教授，曹老師的報(bào)告題目是：Development and Application of Single cell Biomacromolecule Spatail-Omics。。曹老師團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一系列的單細(xì)胞生物大分子原位組學(xué)檢測(cè)新技術(shù)，包括(單細(xì)胞)三維基因組學(xué)、單細(xì)胞原位測(cè)序技術(shù)、新型中低通量單分子FISH技術(shù)、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)及其高通量空間定位技術(shù)和結(jié)合神經(jīng)環(huán)路的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)。同時(shí)，并將這些技術(shù)運(yùn)用到神經(jīng)免疫學(xué)與病原感染、腫瘤等疾病的發(fā)生發(fā)展及其檢測(cè)研究中，極大的拓展了單細(xì)胞生物大分子空間組學(xué)的發(fā)展與應(yīng)用。

 

邊志磊研究員 學(xué)術(shù)報(bào)告

前面兩場(chǎng)報(bào)告湯老師和曹老師都是開發(fā)了單細(xì)胞空間新技術(shù)，這些技術(shù)如何實(shí)現(xiàn)在臨床醫(yī)學(xué)，特別是在腫瘤中精準(zhǔn)輔助治療應(yīng)用呢？鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院血液科副主任醫(yī)師邊志磊研究員報(bào)告題目是：Deciphering human macrophage development at single-cell resolution，以超高單細(xì)胞分辨率深度解析了巨噬細(xì)胞發(fā)育。邊老師團(tuán)隊(duì)繪制了巨噬細(xì)胞在多個(gè)解剖部位的異質(zhì)性，并確定了不同的亞群，包括各種類型的胚胎組織駐留巨噬細(xì)胞(TRMs)(在頭部、肝臟、肺和皮膚)。追蹤了胚胎卵黃囊來(lái)源的原始巨噬細(xì)胞或卵黃囊衍生的偏髓性祖細(xì)胞（YSMPs）來(lái)源的胚胎肝單核細(xì)胞中TRM的發(fā)育軌跡，評(píng)估了胚胎期TRM和成年期TRM之間的分子相似性。全面描述了人類胚胎發(fā)生過(guò)程中早期巨噬細(xì)胞發(fā)育的時(shí)空動(dòng)態(tài)特征，為進(jìn)一步研究人類TRM的發(fā)育和功能提供了參考。

 

鄒暢教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

南方科技大學(xué)鄒暢教授為大家?guī)?lái)的報(bào)告題目是：?jiǎn)渭?xì)胞結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)解析腫瘤微環(huán)境在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用及進(jìn)展。鑒于腫瘤耐藥的復(fù)雜性和難度，越來(lái)越多的測(cè)序技術(shù)致力于在更精細(xì)水平上對(duì)腫瘤微環(huán)境進(jìn)行研究。鄒老師團(tuán)隊(duì)將單細(xì)胞與空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)合起來(lái)，可以在對(duì)細(xì)胞亞群精準(zhǔn)分型的同時(shí)從空間位置關(guān)系解析目標(biāo)細(xì)胞群與微環(huán)境中其他細(xì)胞的相互作用，對(duì)于個(gè)性化的腫瘤精準(zhǔn)分型和治療將帶來(lái)革命性的變化。目前已有研究將單細(xì)胞測(cè)序與空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析，并應(yīng)用于皮膚癌，頭頸部鱗狀細(xì)胞癌和胰腺癌，為其對(duì)應(yīng)疾病的治療提供了潛在的新靶點(diǎn)，促進(jìn)腫瘤精準(zhǔn)分型和輔助診斷治療。

朱強(qiáng)遠(yuǎn)研究員 學(xué)術(shù)報(bào)告

單細(xì)胞測(cè)序不僅在轉(zhuǎn)錄組得到廣泛應(yīng)用，還可以應(yīng)用于基因組分析。浙江大學(xué)朱強(qiáng)遠(yuǎn)特聘研究員帶來(lái)的報(bào)告題目是：基于線性復(fù)制和拆分的全基因組擴(kuò)增（LCS-WGA ） 方法的單細(xì)胞DNA損傷組研究。為了z確地在單細(xì)胞水平上檢測(cè)全基因組內(nèi)的DNA單核酸苷變異“damSNVs”，朱老師團(tuán)隊(duì)研發(fā)了一種新的基于線性復(fù)制與拆分的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增測(cè)序方法（LCS-WGA），并應(yīng)用于胰腺癌和衰老的神經(jīng)細(xì)胞DNA損傷和體細(xì)胞突變檢測(cè)；研發(fā)單細(xì)胞全基因組液滴擴(kuò)增技術(shù)檢測(cè)染色體拷貝數(shù)變化，介紹該技術(shù)檢測(cè)單細(xì)胞DNA的損傷（damagenome）的z確性，為了解人類基因組中的脆弱基因和脆弱功能通路及其在復(fù)雜人類疾病中的潛在作用提供了新的線索。

楊明濤總監(jiān) 學(xué)術(shù)報(bào)告

單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)已經(jīng)廣泛應(yīng)用臨床醫(yī)學(xué)，但是在動(dòng)植物方面，特別是空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在植物方面的局限，百邁客首先開發(fā)了植物上空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的應(yīng)用。百邁客單細(xì)胞事業(yè)部總監(jiān)楊明濤，楊總為大家?guī)?lái)的報(bào)告題目是：空間單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)及其聯(lián)合應(yīng)用經(jīng)驗(yàn)分享。結(jié)合百邁客單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)際的項(xiàng)目案例，介紹了空間單細(xì)胞多組學(xué)的技術(shù)應(yīng)用，以及百邁客的動(dòng)植物單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目實(shí)例數(shù)據(jù)，突破了植物在空間轉(zhuǎn)錄組上技術(shù)應(yīng)用的壁壘，極大的推動(dòng)了單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)時(shí)代的前進(jìn)。

柯榮秦教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

午后休息結(jié)束，華僑大學(xué)醫(yī)學(xué)院柯榮秦教授帶來(lái)的報(bào)告是：原位測(cè)序技術(shù)與單細(xì)胞分析?；趩渭?xì)胞測(cè)序的基因表達(dá)分析需要將單個(gè)細(xì)胞從組織中分離出來(lái)，這個(gè)過(guò)程使所分析的單細(xì)胞丟失了空間位置信息。柯老師團(tuán)隊(duì)開發(fā)了原位測(cè)序(in situ sequencing, ISS)，是一種基于成像的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)。該技術(shù)可以在細(xì)胞甚至亞細(xì)胞分辨率下提供低通量到高通量的空間基因表達(dá)信息，將ISS技術(shù)應(yīng)用于癌癥組織中基因表達(dá)異質(zhì)性的可視化分析，并將之應(yīng)用于人腦組織單細(xì)胞測(cè)序所獲得的感興趣的基因的定位以補(bǔ)充其失去的空間位置信息。此外，還開發(fā)了一系列新型的具有更高的檢測(cè)靈敏度和更好的分辨率的單分子RNA原位雜交方法，可以在細(xì)胞和組織中對(duì)感興趣的RNA轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行原位成像分析。我們相信我們所開發(fā)的原位RNA表達(dá)分析技術(shù)具有廣泛地用于生物和醫(yī)學(xué)的研究的潛力。

樊龍江教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

浙江大學(xué)作物科學(xué)研究所樊龍江教授給大家?guī)?lái)了植物單細(xì)胞RNA數(shù)據(jù)分析。介紹植物單細(xì)胞RNA (scRNA)分析在生物信息學(xué)上面臨許多挑戰(zhàn)，解析了植物marker基因的鑒定和細(xì)胞注釋，并且建立了第一個(gè)用于植物scRNA分析的標(biāo)記基因數(shù)據(jù)庫(kù)plantscRNAdb (http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/)，提供了植物線粒體基因百分比控制的參考標(biāo)準(zhǔn)，從56000個(gè)擬南芥根單細(xì)胞樣本數(shù)據(jù)提供了植物單細(xì)胞圖譜研究所需要的樣本數(shù)要求，為植物單細(xì)胞測(cè)序和數(shù)據(jù)分析提供很好的基礎(chǔ)，極大推動(dòng)植物單細(xì)胞領(lǐng)域的研究，特別是植物標(biāo)記基因數(shù)據(jù)庫(kù)為植物單細(xì)胞測(cè)序細(xì)胞注釋提供了極大的便利。

 

張曉魯教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

山東大學(xué)醫(yī)學(xué)院張曉魯教授帶來(lái)報(bào)告Deciphering intra-tumor heterogeneity with spatial resolved omics。空間組學(xué)技術(shù)可以在保有位置信息的前提下幫助解析腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性，張老師團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種空間的、靈活經(jīng)濟(jì)的簡(jiǎn)化基因組文庫(kù)構(gòu)建方法，CUTseq，可以應(yīng)用于低至60pg的起始DNA量。將CUTseq技術(shù)應(yīng)用于腫瘤內(nèi)異質(zhì)性領(lǐng)域研究，證實(shí)了腫瘤拷貝數(shù)改變事件（copy number alterations, CNAs）發(fā)生于腫瘤進(jìn)化的早期，并應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（spatial transcriptomics）技術(shù)，解析了肝內(nèi)膽管癌內(nèi)部存在多種腫瘤亞克隆，各亞克隆具有特異性的基因表達(dá)特征及信號(hào)激活通路，其空間排布也具有一定的規(guī)律性，深度剖析了惡性腫瘤基因在空間位置上的異質(zhì)性表現(xiàn)，從空間的維度為腫瘤的發(fā)生發(fā)展研究提供了理論基礎(chǔ)。

 

陳秀杰教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

哈爾濱醫(yī)科大學(xué)陳秀杰教授報(bào)告題目是：基于單細(xì)胞水平分子特征異質(zhì)性分析的癌癥√確治療新見(jiàn)解。癌癥是一種具有高度異質(zhì)性的復(fù)雜疾病，存在治療結(jié)果的巨大差異。因?yàn)閷?duì)于具有多亞型的患者，可能只表現(xiàn)出顯性亞型的表型特征，次級(jí)亞型的表型特征往往被顯性亞型特征掩蓋，在治療過(guò)程中，顯性亞型的癌細(xì)胞逐漸消除，次級(jí)亞型的癌細(xì)胞出現(xiàn)表型效應(yīng)，導(dǎo)致耐藥或潛在的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。因此，對(duì)于多亞型的患者，提出了新的治療策略，應(yīng)使用靶向多亞型藥物或靶向單亞型藥物組合同時(shí)治療多亞型的患者。

陳凱教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

昆明理工大學(xué)省部共建非人靈長(zhǎng)類生物醫(yī)學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室陳凱教授帶來(lái)的報(bào)告題目是單細(xì)胞組學(xué)新技術(shù)的開發(fā)及在動(dòng)物進(jìn)化發(fā)育中的應(yīng)用。陳老師團(tuán)隊(duì)通過(guò)結(jié)合單細(xì)胞功能組學(xué)技術(shù)和經(jīng)典發(fā)育生物學(xué)方法，成功繪制了完整的脊索動(dòng)物胚胎發(fā)育單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜系以及對(duì)應(yīng)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)草圖，在此基礎(chǔ)上發(fā)現(xiàn)了多巴胺神經(jīng)元命運(yùn)決定的保守因子（Meis和Ptf1），并開發(fā)出了基于CUT&Ta研究多個(gè)目的蛋白-DNA互作的新方法（Multi-CUT&Tag），結(jié)合10x多組學(xué)平臺(tái)，該方法能有效地整合細(xì)胞類型特征和染色質(zhì)的信息，有利于獲得更加清晰的細(xì)胞譜系和染色質(zhì)特征，有助于解析細(xì)胞命運(yùn)決定背后的調(diào)控機(jī)制。

楊鵬遠(yuǎn)教授 學(xué)術(shù)報(bào)告

嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合征冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)感染常導(dǎo)致嚴(yán)重并發(fā)癥甚至死亡。會(huì)議最后由中科院生物物理所研究員楊鵬遠(yuǎn)研究員為大家?guī)?lái)報(bào)告：Single-cell epigenomic landscape of immune cells reveals establishment of immune memory in infection diseases。介紹其團(tuán)隊(duì)從COVID-19康復(fù)患者和健康獻(xiàn)血者收集的外周血單個(gè)核細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞染色質(zhì)可及性和T細(xì)胞受體分析。在COVID-19康復(fù)的個(gè)體中，先天性和適應(yīng)性免疫細(xì)胞中都觀察到染色質(zhì)重塑。與健康供體相比，康復(fù)個(gè)體含有豐富的tbet富集的CD16+和irf1富集的CD14+單核細(xì)胞，具有連續(xù)馴化和激活的表觀基因組狀態(tài)。康復(fù)個(gè)體的B細(xì)胞譜系表現(xiàn)出從不成熟B細(xì)胞到產(chǎn)生抗體的漿細(xì)胞的加速發(fā)育程序。最后，對(duì)單核T細(xì)胞受體的克隆性和染色質(zhì)可及性進(jìn)行綜合分析，發(fā)現(xiàn)sars – cov -2特異性CD8+ T細(xì)胞的擴(kuò)增，其表觀基因組圖譜促進(jìn)了效應(yīng)細(xì)胞或記憶細(xì)胞的分化。從COVID-19康復(fù)的個(gè)體的免疫細(xì)胞表現(xiàn)出染色質(zhì)可及性景觀的重塑，表明免疫記憶的建立，為新冠病毒致病機(jī)理和免疫治療方法提供了方向。

在濃厚的學(xué)術(shù)氛圍下，第八屆百邁客全國(guó)功能基因組學(xué)高峰論壇-單細(xì)胞分會(huì)場(chǎng)落下了帷幕！通過(guò)這次峰會(huì)，充分展示了單細(xì)胞空間多組學(xué)研究領(lǐng)域的重大進(jìn)展，推動(dòng)單細(xì)胞和空間技術(shù)在各個(gè)領(lǐng)域的應(yīng)用，促進(jìn)單細(xì)胞空間時(shí)空組學(xué)研究的前進(jìn)，為輔助腫瘤精準(zhǔn)治療和生物學(xué)現(xiàn)象研究提供更具有劃時(shí)代的研究方向。
相信每一位參會(huì)人員都受益匪淺，也祝愿每一位研究學(xué)者都能喜報(bào)頻頻！讓我們共同期待2022年“第九屆全國(guó)功能基因組學(xué)高峰論壇”，我們將繼續(xù)秉承大會(huì)“解讀基因、助力科研”的使命，努力將此論壇打造成行業(yè)標(biāo)桿性學(xué)術(shù)交流盛會(huì)！

精彩依舊在繼續(xù)，明年再會(huì)！