今天小編給各位老師帶來一篇16S rDNA測序的高分文章，我們來看看如何單純的使用的微生物組學研究口腔微生物與類風濕關節(jié)炎之間的聯(lián)系。本文對150名RA患者、RA高危個體及健康對照的牙菌斑、唾液及舌苔樣品進行了微生物組學研究，發(fā)現(xiàn)唾液和舌苔微生物組成差異顯著，牙菌斑差異不顯著。一旦明確了微生物引起RA發(fā)病的分子機制，可以設計出針對特殊微生物或者特定靶點的藥物，開發(fā)出治療RA的新型個體化療法，實現(xiàn)對RA患者的早期預測和治療。
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導讀
目的：有人認為類風濕關節(jié)炎（RA）可能起源于口腔粘膜。作者的目的是評估早期類風濕關節(jié)炎（ERA）患者和有類風濕風險的個體口腔微生物和牙周狀況。
方法：招募三組（每組50人）：ERA患者、高危個體和健康對照。牙周檢測結果為探診出血評分（BOP）、袋探診深度評分（PPD）和牙周炎癥表面積評分（PISA）。采用16S rDNA擴增子測序評估齦下牙菌斑、唾液和舌苔的微生物組成，并采用PERMANOVA進行組間差異分析。
結果：牙周指標組間差異不顯著。PERMANOVA分析顯示唾液和舌苔微生物組成差異顯著，牙菌斑差異不顯著。Post-hoc測試顯示ERA組和高危組差異不顯著。鑒別零半徑操作分類單元（zOTUs）：在ERA患者和高危個體中，唾液和舌苔中Prevotella和Veillonella相對豐度高于健康對照組。
總結：結果顯示ERA患者和高危個體之間的口腔微生物組有相似之處，與健康對照組相比，均表現(xiàn)出潛在促炎物種相對豐度的增加，這表明口腔微生物組和RA發(fā)病之間可能存在關聯(lián)。
英文題目：The oral microbiome in early rheumatoid arthritis patients and individuals at riskdiffers from healthy controls
中文題目：早期類風濕性關節(jié)炎患者和高危個體的口腔微生物組與健康對照組不同
期刊：Arthritis & Rheumatology
IF：9.586
發(fā)表時間：2021.5
文獻鏈接：https://international.biocloud.net/zh/article/detail/33949151
研究背景
類風濕性關節(jié)炎（RA）是一種慢性炎性關節(jié)疾病，常伴有自身抗體如類風濕因子（RF）和抗瓜氨酸蛋白（ACPA）抗體。這些抗體通常在臨床明顯的類風濕關節(jié)炎發(fā)病前幾年就會出現(xiàn)。
有人認為風濕性關節(jié)炎起源于粘膜部位，比如腸道和口腔粘膜。牙周炎是一種牙齦、支持牙齒的結締組織和牙槽骨的慢性炎癥，在致病方面與風濕性關節(jié)炎相似，一些研究表明牙周病和風濕性關節(jié)炎之間存在關聯(lián)。先前RA相關的口腔微生物研究中，Porphyromonas gingivalis（Pg）是一種與牙周病相關的細菌。由于Pg具有產(chǎn)瓜氨酸蛋白的能力，可能會觸發(fā)ACPA的產(chǎn)生從而引發(fā)RA相關的免疫反應。由于口腔微生物可能在RA發(fā)病中發(fā)揮作用，因此可能成為預測甚至預防RA的靶點，因此早期RA患者與RA高危個體的信息最相關。
研究方法
試驗材料：ERA患者、高危個體和健康對照每組各50人，牙菌斑、唾液和舌苔樣品
試驗方法：16S rDNA測序
研究結果
1、研究對象特征
從2017年11月到2019年7月共納入了150名參與者，每組50人（表1）。ERA患者平均在確診為RNA后3.1±1.7個月入選。大部分ERA患者按照國家類風濕關節(jié)炎藥物治療指南采用甲氨蝶呤治療，多與強的松聯(lián)合治療（表1）。
比較三組影響口腔微生物的因素：在過去24小時內(nèi)吸煙、飲酒、使用藥物、使用止痛藥、在過去3個月內(nèi)使用抗生素、戴活動假牙、定期清潔舌頭、定期使用漱口水、DMFT、進食/飲酒時間以及口腔衛(wèi)生時間（表1）。除了上述一個變量外，組間差異不顯著，ERA組進行口腔衛(wèi)生的時間明顯縮短。
2、微生物組特征
樣品處理后共獲得948個zOTUs。在每個樣品中隨機抽取3500條reads，仍有942個zOTUs，平均每個樣品有130個zOTUs。8個樣品（2個牙菌斑、4個唾液和2個舌苔樣品）由于數(shù)據(jù)量少被排除在進一步分析之外。由于ERA組患者口腔衛(wèi)生時間明顯短于其他組，且刷牙會影響口腔微生物，因此進行PERMANOVA分析時將改變量因素考慮在內(nèi)。樣品多樣性結果：Shannon指數(shù)、每個樣品的zOTU數(shù)和Bray-Curtis距離均可在附錄中找到。
3、有區(qū)別力的zOTUs
3.1唾液樣品
25個zOTUs在組間存在差異，7個zOUTs在至少一組中相對豐度≥0.01。Post-hoc Mann-Whitney U檢驗顯示，顯著性差異結果主要由于ERA組和高危組與對照組的差異造成的，而不是ERA組和高危組之間的差異。相比于對照組Prevotella salivae（zOTU25）、Veillonella（zOTU4）和Prevotella（zOTU10）在ERA組和高危組更加豐富（圖2A-C），相比于其他兩組Neisseria flavescens / subflava（zOTU7）、Porphyromonas pasteri /sp._oral_taxon_278（zOTU15）和Veillonella parvula（zOTU12）在對照組更豐富。與ERA組相比僅有Fusobacterium periodonticum（zOTU 13）在高危組和對照組更豐富，而兩組之間差異不顯著。
3.2舌苔樣品
19個zOTUs在組間存在差異，4個zOTUs在至少一組中相對豐度≥0.01。顯著的結果主要由ERA組和高危組與對照的差異造成的，而不是ERA組和高危組之間的差異。ERA組和高危組Veillonella（zOTU4）更加豐富（圖2D），Neisseria flavescens / subflava（zOTU7）和Streptococcus dentisani / infantis / mitis / oralis /sp._oral_taxon_058（zOTU1）在對照更加豐富。相比于ERA組，Fusobacterium periodonticum（zOTU13）在對照組中更加豐富，而高危組和其他兩組差異不顯著。
3.3Porphyromonas gingivalis
研究結論
文獻下載：
https://international.biocloud.net/zh/article/detail/33949151
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