發(fā)表雜志：Nature Communications，2020年4月
影響因子：12.121
同濟(jì)大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院高紹榮團(tuán)隊(duì)與江賜忠團(tuán)隊(duì)在Nature Communications雜志發(fā)表了Hi-C互作的相關(guān)研究成果。他們采用經(jīng)過(guò)優(yōu)化的少量細(xì)胞全基因組染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)（sisHi-C），對(duì)小鼠SCNT胚胎發(fā)育過(guò)程進(jìn)行連續(xù)采樣，詳細(xì)描繪了SCNT植入前胚胎染色質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)的動(dòng)態(tài)變化過(guò)程。
研究背景
研究方法
樣本：不同時(shí)期的胚胎細(xì)胞及SCNT流程見(jiàn)（圖1a）
測(cè)序方法：sis Hi-C測(cè)序、RNA-seq和ChIP-seq
圖1a SCNT的流程和不同時(shí)期的細(xì)胞樣本
研究結(jié)果
1.SCNT胚胎三維染色質(zhì)結(jié)構(gòu)
不同時(shí)期的胚胎的染色質(zhì)三維構(gòu)象見(jiàn)下圖，圖中分別展示了分辨率為100kb和40kb時(shí)的Hi-C互作矩陣。將CC(Cumulus cell)核注入無(wú)核卵母細(xì)胞后，染色質(zhì)結(jié)構(gòu)TADs和Compartments迅速溶解，并在6-hpa胚胎中部分恢復(fù)。令人驚訝的是，1-hpi和1-hpa單細(xì)胞胚胎遠(yuǎn)端相互作用明顯較少，并顯示出一致的相互作用模式，這與中期染色質(zhì)組織狀態(tài)高度相似。
?圖1b
免疫熒光染色在1-hpi和1-hpa胚胎中檢測(cè)到紡絲裝置凝聚的染色體，這與其他階段胚胎中帶有核膜的間期染色質(zhì)形態(tài)不同（圖2a）。進(jìn)一步分析表明，1-hpi胚胎的P(s)曲線與小鼠ESC中期相似，在10Mb時(shí)迅速下降，而1-hpa胚胎的P(s)曲線與小鼠MII卵母細(xì)胞相似，在4Mb時(shí)突然下降(圖2b)。這表明當(dāng)供體細(xì)胞在去核卵母細(xì)胞中被人工激活1個(gè)小時(shí)（1-hpa）后，基因組經(jīng)歷了從類有絲分裂中期向類第二次減數(shù)分裂中期的轉(zhuǎn)變。
圖2 有絲分裂中期向類第二次減數(shù)分裂中期的轉(zhuǎn)變
2.SCNT胚胎發(fā)育過(guò)程中Compartments和TADs的重編程
除了1-hpi和1-hpa階段外，在所有階段的相關(guān)熱圖中均觀察到染色質(zhì)相互作用的明顯格子圖案（圖3a），每個(gè)熱圖下面的PC1以紅色和藍(lán)綠色分別指示Compartments A和Compartments B。
圖3a SCNT胚胎發(fā)育各個(gè)階段的Compartments強(qiáng)弱變化
SCNT胚胎發(fā)育6小時(shí)（6-hpa）進(jìn)入擬原核期（對(duì)應(yīng)正常受精胚胎PN3時(shí)期）后，出現(xiàn)了較弱的TADs（拓?fù)湎嚓P(guān)結(jié)構(gòu)域）信號(hào)，并持續(xù)減弱至早期2細(xì)胞期，在2細(xì)胞晚期到8細(xì)胞卵裂期逐步重新建立，直到囊胚期成熟。
圖3b SCNT胚胎發(fā)育各個(gè)階段的TAD強(qiáng)弱變化
作者將小鼠SCNT與正常受精胚胎發(fā)育Hi-C公共數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)SCNT胚胎在二細(xì)胞期的遠(yuǎn)距離（>2 Mb）相互作用較正常受精胚胎明顯降低。同時(shí)，早期（2到8細(xì)胞期）正常受精胚胎與SCNT胚胎的Compartments及TADs也存在著明顯的差異。
?圖4 正常胚胎和SCNT胚胎染色質(zhì)結(jié)構(gòu)重組的差異
研究表明小鼠SCNT胚胎在合子基因組激活（ZGA）時(shí)期有大量的基因未能被正常激活。于是，作者探究了染色質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的異常是否會(huì)導(dǎo)致增強(qiáng)子與啟動(dòng)子之間的相互作用無(wú)法成功建立。在早2細(xì)胞胚胎，發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵基因Zscan4d的啟動(dòng)子與上游的超級(jí)增強(qiáng)子的SE-P相互作用在受精卵中很明顯，而在SCNT胚胎中則不存（圖5）。
圖5 SE-P互作異常影響ZGA相關(guān)基因表達(dá)
研究證實(shí)這是由于供體細(xì)胞基因組中持續(xù)存在的H3K9me3修飾無(wú)法被正常擦除造成的，通過(guò)在SCNT胚胎中過(guò)量表達(dá)甲基化酶Kdm4d來(lái)降低H3K9me3修飾水平，SCNT胚胎的染色質(zhì)空間構(gòu)象會(huì)趨向正常受精胚胎，且Zscan4d的啟動(dòng)子與超級(jí)增強(qiáng)子的互作也得到了部分的修復(fù)（圖6e）。
?圖6e Zscan4d啟動(dòng)子與其相鄰區(qū)域的相互作用頻率
討論
SCNT胚胎CCs表現(xiàn)為有成熟的Compartments和TADs，注入去核卵母細(xì)胞后Compartments和TADs迅速溶解。Compartments和TADs在1-hpi和1-hpa胚胎的有絲分裂和次級(jí)減數(shù)分裂中期分別缺乏，在早期2細(xì)胞胚胎中出現(xiàn)，后期存在，在ICM期成熟。H3K9me3修飾是SCNT胚胎中染色質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)重編程的重要障礙，染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的重編程差異導(dǎo)致了對(duì)發(fā)育至關(guān)重要的調(diào)控基因的SE-P循環(huán)的丟失。
?圖7 SCNT胚胎發(fā)育過(guò)程中染色質(zhì)三維動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)的原理模型
參考文獻(xiàn)
Chen Mo,Zhu Qianshu,Li Chong et al. Chromatin architecture reorganization in murine somatic cell nuclear transfer embryos.[J] .Nat Commun, 2020, 11: 1813.
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