真菌基因組精細(xì)圖（PacBio）
全面分析 深度研究
真菌基因組產(chǎn)品技術(shù)介紹
真菌基因組研究，?采用2+3或2+3+HiC等測序策略對真菌基因組進(jìn)行測序、組裝以及功能注釋，可根據(jù)不同需求選擇真菌基因組調(diào)研圖、真菌基因組精細(xì)圖以及真菌基因組準(zhǔn)完成圖進(jìn)行研究
根據(jù)不同研究提供全面技術(shù)分析
真菌基因組相對復(fù)雜，百邁客可根據(jù)具體的研究目的提供不同的研究方案，采用二代測序、三代測序以及HiC等豐富全面的測序平臺對真菌基因組進(jìn)行深度研究。
測序策略和送樣要求
| 產(chǎn)品類型 | 測序策略 | 承諾指標(biāo) | 總量要求（μg） |
| 調(diào)研圖 | Illumina | 承諾測序深度 | ≥0.6 |
| 精細(xì)圖 | Illumina?50X?+?ONT?100X | Contig?N50?≥2M | ≥3 |
| Pacbio?HIFI?30X | |||
| 準(zhǔn)完成圖 | Illumina?50X?+?ONT?100X?(Pacbio?HIFI?30X)?+?Hi-C?100X | 至少90%的基因組序列定位到染色體 | ≥5 |
| 環(huán)境樣品 | 取樣方法 | 保存及運(yùn)輸 |
| 單細(xì)胞真菌 | 顯微鏡下觀察酵母菌生長狀態(tài)，盡量收集生長期處于對數(shù)期的酵母菌；將適量體積的酵母菌液轉(zhuǎn)移至將2?mL旋蓋尖底離心管中（無菌，無核酸酶），于室溫下14000×g?離心1?min；棄盡培養(yǎng)基，將酵母細(xì)胞沉淀迅速置于液氮中冷凍3?h以上，然后轉(zhuǎn)移至-80?°C長期保存 | -80℃冰箱保存，干冰運(yùn)輸 |
| 大型真菌 | 從菌體上，取下生長旺盛的組織，用無菌水沖洗干凈，再使用?75%乙醇沖洗，用吸水紙吸干樣品表面；如果組織體積較大，應(yīng)盡量將組織剪切成長寬高均≤0.5cm?的小塊；將處理好的組織樣本保存于2?ml?或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準(zhǔn)備好的錫箔紙包裹組織 |
全面豐富的信息分析內(nèi)容
提供專業(yè)的真菌基因組分析，√確豐度的標(biāo)準(zhǔn)分析對真菌詳細(xì)信息進(jìn)行解讀，全面了解基因組信息，通過比較基因組分析，可更深度解讀真菌生物學(xué)意義。
| 分析類型 | 研究目的 | 具體分析內(nèi)容 |
| 分析內(nèi)容 | 基因組組裝 | 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控；基因組組裝：組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì)，組裝評估 |
| 基因組組裝分析 | 重復(fù)序列預(yù)測；編碼基因預(yù)測；非編碼RNA預(yù)測；假基因預(yù)測；基因簇預(yù)測 | |
| 基因組功能注釋 | 通用數(shù)據(jù)庫注釋：GO,?KEGG,?KOG,?TrEMBL，Swiss-prot,?Nr,?pfam； 專有數(shù)據(jù)庫注釋：?CAZy，TCDB，PHI，CYPED，DFVF； 蛋白亞細(xì)胞定位分析：信號肽預(yù)測；跨膜蛋白預(yù)測；分泌蛋白預(yù)測；效應(yīng)蛋白預(yù)測 |
|
| 表觀遺傳 | 6mA，4mC甲基化修飾位點(diǎn)分析；特異性motif分析 | |
| 高級分析（可選） | 比較基因組等 | 特有功能基因富集分析；快速進(jìn)化基因檢測；快速進(jìn)化基因功能分析；物種間進(jìn)化關(guān)系分析；共線性分析； |
真菌基因組測序我們更專業(yè)
真菌基因組測序，依托豐富全面的二代測序、三代測序、HiC等先進(jìn)平臺，百邁客對于真菌基因組研究更為專業(yè)。
多角度研究技術(shù)
全面的信息分析
豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)
提供整體解決方案
技術(shù)路線
對真菌基因組進(jìn)行提取，根據(jù)研究目的進(jìn)行不同產(chǎn)品選擇，對應(yīng)相應(yīng)建庫測序策略組裝真菌基因組進(jìn)行分析。
KOG分析
真菌基因預(yù)測基因比對到KOG數(shù)據(jù)庫，可對真菌基因產(chǎn)物進(jìn)行直系同源分類。
共有特有基因分析
通過比較基因組分析，借助OrthoMCL軟件對蛋白序列進(jìn)行家族分類，尋找真菌特有的基因家族。
信號肽預(yù)測
號肽是引導(dǎo)新合成的蛋白質(zhì)向分泌通路轉(zhuǎn)移的短肽鏈，可以引導(dǎo)蛋白跨膜轉(zhuǎn)移。利用已預(yù)測得到的蛋白質(zhì)序列，預(yù)測氨基酸序列中是否存在信號肽
共線性分析
利用真菌的基因序列與近源物種的基因序列進(jìn)行Blastn比對，尋找兩個物種間同源的基因、蛋白序列，然后根據(jù)同源基因在各個真菌中序列上的位置信息得到核酸水平上的共線性關(guān)系
1、真菌基因組二代+三代具體是怎么組裝的？
答：具體的組裝方法有三種，選擇組裝結(jié)果。
方法一：二代數(shù)據(jù)和三代數(shù)據(jù)測序片段混合組裝；
方法二：二代數(shù)據(jù)和三代數(shù)據(jù)分別組裝，然后再用分別組裝后的結(jié)果在congtig水平再連接組裝；
方法三：二代數(shù)據(jù)組裝，再用三代數(shù)據(jù)對二代組裝的contig進(jìn)行連接到scaffold水平。
2、真菌基因組準(zhǔn)完成圖是什么意思？
答：真菌基因組準(zhǔn)完成圖是通過二代測序+三代測序+光學(xué)圖譜結(jié)合進(jìn)行組裝分析，將真菌基因組組裝到近染色體的水平，組裝到近染色體不是說通過光學(xué)把組裝的scaffold掛到染色體上，意思是組裝出來的scaffold數(shù)量接近染色體的數(shù)量，是組裝完整性的一種指標(biāo)。
3、真菌基因組材料選擇有哪些注意事項(xiàng)？
答：對于真菌基因組測序，首先注意保證不要有雜菌的污染，需要通過核染色確定真菌基因組是單核還是多核，可通過細(xì)菌基因組調(diào)研圖來確定雜合度以及重復(fù)序列，再評估最佳的精細(xì)圖測序策略。
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