在實際運用過程中，我們通常根據(jù)需要，通過管道符“|”同時使用好幾種生物信息學(xué)Linux命令，避免花費大量時間找軟件、寫代碼，有些情況下可以代替Excel等辦公軟件。如下就是一些linux命令的高級使用實例。如下是一個宏基因組的NR注釋結(jié)果示例文件：
文件和目錄管理
1.1管理目錄
語法：cd <dirname>
實例：cd /path/dirname #切換到指定的/path/dirname目錄
cd ~ #切換到家目錄
cd ../ #切換到上一層目錄
cd / #切換到根目錄
命令說明：ls和ll都可以列出目錄下的文件、子目錄。ls只列出文件名或目錄名。而ll是ls -l的別名，會列出該目錄下的文件或目錄的詳細信息。
語法：ls [-alrtAFR] <dirname/filename>
常用參數(shù)：-l 除文件名外，列出文件類型、權(quán)限、所有者、大小等詳細信息。
-h 文件大小的單位由字節(jié)Byte，變換為“K”、“M”、“G”、“T”（需要與-l同時使用）。
-a 顯示“.”開頭的隱藏文件。
-t 文件按照時間順序，越新的越前面。
命令說明：創(chuàng)建文件夾（目錄）。
語法：mkdir [-p] <dirname>
常用參數(shù)：-p 如果需要創(chuàng)建目錄的父目錄（上層目錄）不存在，就一并創(chuàng)建父目錄。
實例：mkdir -p /new_dirname/test_dir #創(chuàng)建目錄/new_dirname/test_dir（當(dāng)new_dirname不存在的時候，一并創(chuàng)建）。
命令說明：顯示當(dāng)前工作目錄的絕對路徑。含有“.”、“..”和“~”等的路徑為相對路徑，只由目錄名稱和“/”組成的為絕對路徑。
語法：pwd
1.2處理文件
創(chuàng)建文件
1.?touch
2.?vi
文件的復(fù)制、移動、鏈接、刪除
1.?cp
命令說明：復(fù)制文件或目錄，相當(dāng)于Windows系統(tǒng)下的copy。
語法：cp?<source?dirname/filename>?<target?dirname/filename>?[-r]
常用參數(shù)：-r?將源目錄及其子目錄下的所有文件，復(fù)制到目標(biāo)目錄下（復(fù)制目錄的時候，必須使用）。
實例：cp?file_a?dir_name?#將文件file_a拷貝到目錄dir_name下。
cp?file_a?file?_b?#將文件file_a復(fù)制并重新命名為file_b。
cp?-r?dir_a?dir_b?#將目錄dir_a及其子目錄下的所有文件，拷貝到目錄dir_b下。
2.?mv
命令說明：用于將文件移動到目標(biāo)目錄下；重命名文件或目錄；移動目錄到目標(biāo)目錄下。
語法：mv?<source?diename/filename>?<target?dirname/filename>
實例：mv?file_a?file_b?#將目錄file_a重命名為file_b。
mv?dir_a?dir_b?#如果目錄dir_b不存在，則將dir_a重命名為dir_b；如果目錄dir_b存在，則將dir_a移動到dir_b下。
mv?file1?file2?dirname1?test_dirname?#將文件file1和file2、目錄dirname1，移動到test_dirname下。
3.?ln
4.?rm
文件內(nèi)容查看
1.?cat
命令說明：將文件內(nèi)容顯示到標(biāo)準輸出（或使用管道命令“|”傳遞作為下一個命令的標(biāo)準輸入，或使用“>”重定向到其他文件）。
語法：cat?[-n]?<file1?file2?…>?[>?new_file]
常用參數(shù)：-n?在每行內(nèi)容之前，加上行號顯示。
實例：cat?-n?file?#將file的內(nèi)容加行號，顯示在屏幕上。
cat?file1?file2?>?new_file?#將file1和file2的內(nèi)容，重定向到new_file中。（file1的內(nèi)容在前，file2的內(nèi)容在后。）
cat?file1?file2?>>?new_file?#將file1和file2的內(nèi)容，依次追加到new_file后。
cat?file?|?wc?-l?#使用cat查看file內(nèi)容，再傳遞到wc?-l計算文件的行數(shù)。
2.?less
命令說明：查看文件的內(nèi)容。
語法：less?[-SN]?<file>
常用參數(shù)：-S?當(dāng)每行長度長于屏幕寬度的時候，默認顯示在下一行，使用-S則不顯示在下一行。
-N?顯示行號。
實例：less?-SN?#使用less打開文件后，可以使用“Page?Up”向上翻頁，使用“Page?Down”向下翻頁，使用“/pattern”向下匹配。
3.?head
命令說明：顯示文件開頭部分的內(nèi)容。
語法：head?[-n]?<file>
常用參數(shù)：-n?<number>?顯示文件前number行的內(nèi)容（默認顯示前10行）。
實例：head?-n?20?file?#顯示文件前20行的內(nèi)容。
4.?tail
命令說明：顯示文件末尾部分的內(nèi)容。
語法：tail?[-n]?<file>
常用參數(shù)：-n?<number>?顯示文件末尾number行的內(nèi)容（默認顯示末尾10行）。
實例：tail?-n?20?file?#顯示文件末尾20行的內(nèi)容。
5.?cut
命令說明：顯示文件的每一行指定范圍內(nèi)的字符。
語法：cut?[-cdf]?<file>
常用參數(shù)：-c?以字符為單位進行分割。-c?num1-num2意為顯示文件的每一行的第num1到num2的字符。
-d?自定義域分割符，默認tab鍵“\t”。
-f?num1-num2?顯示域分割符分割后，每行第num1到num2的域。
實例：cut?-c?1-5?file?#顯示文件的每一行的前5個字符。
cut?-d?“?”?-f?1-5?file?#顯示以空格分割后的，文件的前5列。
文件壓縮
1.?gzip
命令說明：壓縮文件或目錄，生成以“.gz”結(jié)尾的壓縮文件。
語法：gzip [-r][-1…9] <filename/dirname>
常用參數(shù)：-r 對目錄下的文件進行壓縮，但目錄本身不壓縮。
-1…9 數(shù)值越大，壓縮效率越高（默認6），壓縮速度越慢，生成的壓縮文件越小。
實例：gzip file1 #對源文件file1進行壓縮，生成file1.gz，并刪除源文件file1。
解壓命令：使用gunzip或gzip -d，例如gunzip file1.gz。
2.?zip
命令說明：壓縮文件或目錄，生成“.zip”結(jié)尾的壓縮文件。
語法：zip [-r][-1…9] <filename/dirname>
常用參數(shù)：-r 對目錄下的所有子目錄、文件一起壓縮。
-1…9 數(shù)值越大，壓縮效率越高（默認6），壓縮速度越慢，生成的壓縮文件越小。
實例：zip -r new.zip dirname1 #將目錄dirname1壓縮到new.zip壓縮文件內(nèi)。
解壓命令：unzip，例如unzip new.zip。
3. tar
命令說明：Linux下最常用的打包程序，生成的包通常稱為tar包（以“.tar”結(jié)尾）。可以在tar包的基礎(chǔ)上，使用壓縮命令，進一步壓縮處理。
語法：tar [-cxzvf] <tar_file>
常用參數(shù)：-f 指定tar文件，后面需要立即接tar文件名，不能再接參數(shù)。
-c 創(chuàng)建一個tar文件。
-x 從tar文件中，獲取源目錄和源文件，相當(dāng)于打開tar包。
-z 和-c同用，調(diào)用gzip來壓縮tar文件；和-x同用，調(diào)用gunzip來解壓縮tar文件。
-v 顯示命令執(zhí)行的過程。
實例：tar -cf test.tar file1 dir1 #將文件file1、目錄dir1打包到test.tar中。
tar -xf test.tar #提取test.tar中的文件。
tar -czvf test.tar file1 dir1 #將文件file1、目錄dir1打包并壓縮為test.tar.gz，顯示詳細過程。
tar -xzvf test.tar file1 dir1 #將test.tar.gz解壓縮，提取其中文件。
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