基本測序結果分析：

在自然狀態(tài)下很難保證所有F1群體均是目標親本的子代，所以作者進行了親自鑒定的工作，最終剩下157個正牌的F1子代；
共獲得了139,113,148個reads，其中Q值大于30以上的高質量數據占88.64%，GC含量為37.45%。父母本reads數分別為9,025,115和8,571,660，F1子代平均為773,990。與之對應的高質量SLAF-tag數為239,704個，其中父母本中開發(fā)的SLAF-tag數分別為201,805和206,806個，深度為19.25X和20.70X；子代中平均SLAF-tag為123,038個，平均深度為3.11X；
聚類分析后共獲得多態(tài)性的SLAF-tag132,542個，其中可成功進行二等位編碼的SLAF-tag108,004個，選擇適合F1群體作圖的多態(tài)性標記后，利用測序深度和完整度過濾，最終剩余4,508個多態(tài)性SLAF標記用于遺傳圖譜的構建；

遺傳圖譜構建：

結合506個SSR標記和4,508個SLAF標記，進行遺傳圖譜的構建，成功構建了珍珠蚌19條連鎖群，共含有標記4,920個，中性圖總圖距為2,713cM，平均圖距為1.81cM。雄性圖包括3,233個標記，總圖距2,561cM，雌性圖包含標記3,123個，總圖距2,810cM；

圖1 珍珠蚌高密度遺傳圖譜

遺傳圖譜比較統(tǒng)計分析：

作者之前利用SSR標記做的遺傳圖譜和利用SLAF-seq構建的遺傳圖譜進行了比較。兩張遺傳圖譜均構建了珍珠蚌19條連鎖群，但是標記數，圖距，分辨率均不同。SSR標記包含了506個標記，總圖距1,922.3cM，平均圖距3,99cM，大的Gap數較多，而基于SLAF-seq的圖譜在以上指標上均顯著優(yōu)于SSR標記圖譜。

QTL定位分析：

共定位到了26個和珍珠品質相關的QTL，分別位于第1,4,8，14，15和17號連鎖群上，PVE范圍為8.45%-22.8%。在1號連鎖群上定位到3個殼寬QTLs，在第1和第15號連鎖群上分分別定位到1個控制殼重的QTL。第8號染色體上定位到體重相關的7個QTL，另外，作者也定位到了大量其他性狀的QTL。同時對第17號染色體上的4個和貝殼珍珠層顏色相關的QTL進行簡單的統(tǒng)計驗證。

文章亮點總結：

1.材料：珍珠蚌需要生長到一定年限才能有珍珠產生，本文材料非常難得，是能獲得較好結果的基礎；2.有SSR遺傳圖譜的構建，并與SLAF標記進行了整合，圖譜密度高；
3.利用遺傳圖譜定位到了大量和珍珠質量相關的QTL，相關標記可以進一步開發(fā)用于分子標記輔助育種，具有重要的經濟價值；
4.部分QTL區(qū)域的標記進行簡單的統(tǒng)計學驗證，使QTL定位結果的可靠性增加。
本期文獻解讀就到這里，提前透露下，圖譜君最近正在運作另外一篇水產物種的圖譜構建，QTL并且利用一種高（漲）逼（姿）格（勢）的方法進行QTL驗證的文章，敬請期待~~~

參考文獻：
Bai Z Y, Han X K, Liu X J, et al. Construction of a high-density genetic map and QTL mapping for pearl quality-related traits in Hyriopsis cumingii[J]. Scientific Reports, 2016, 6.