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為什么全長比較轉(zhuǎn)錄組不做與表達(dá)量相關(guān)的分析？

Biomarker — Fri, 12 Mar 2032 11:47:15 +0000

（1）不同物種，多拷貝基因難以確定基因的一?一對(duì)應(yīng)關(guān)系無法比較表達(dá)量；當(dāng)然，單拷貝同源基因可以確定一一對(duì)應(yīng)關(guān)系，但是；

（2）表達(dá)譜差異分析（例如?RPKM值比較）實(shí)際上使用的內(nèi)參是?RNA總量。相同物種RNA總量穩(wěn)定，所以沒有問題。但不同物種RNA總量未必相同，所以物種間的差異分析就失去了穩(wěn)定的內(nèi)參。因此強(qiáng)行比較的話，是不嚴(yán)謹(jǐn)?shù)摹?/p>

Q4.如何對(duì)lncRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測？

Biomarker — Fri, 07 Jan 2022 10:08:36 +0000

答：基于lncRNA與其靶基因的作用方式，我們采用2種預(yù)測方法進(jìn)行l(wèi)ncRNA的順式靶基因和反式靶基因進(jìn)行預(yù)測：
第一種，lncRNA調(diào)控其鄰近基因的表達(dá)，主要根據(jù)lncRNA與gene的位置關(guān)系預(yù)測，lncRNA 100kb范圍內(nèi)的鄰近基因?yàn)槠漤樖桨谢颍?br /> 第二種，當(dāng)樣本數(shù)目比較多時(shí)，通過樣本間 lncRNA 與 mRNA 的表達(dá)量相關(guān)性分析方法來預(yù)測 lncRNA的反式靶基因。

Q3.如何進(jìn)行LncRNA的鑒定？

Biomarker — Fri, 07 Jan 2022 10:07:38 +0000

答：lncRNA的預(yù)測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。
(1)篩選長度≥200bp，Exon個(gè)數(shù)≥2，F(xiàn)PKM≥0.1的轉(zhuǎn)錄本序列進(jìn)行后續(xù)編碼潛能預(yù)測；
(2) 應(yīng)用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結(jié)構(gòu)域分析四種方法對(duì)基本篩選獲得的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行編碼潛能預(yù)測，保留不具編碼潛能的轉(zhuǎn)錄本序列，四種方法取交集即為最后預(yù)測出的LncRNA。

Q5. 如何進(jìn)行動(dòng)植物的miRNA鑒定

Biomarker — Fri, 31 Dec 2021 10:21:52 +0000

答：
在已知miRNA鑒定方面，我們將比對(duì)到參考基因組的reads與miRBase（v22）數(shù)據(jù)庫中的已知miRNA的成熟序列及其上游2nt與下游5nt的范圍進(jìn)行比對(duì)，最多允許一個(gè)錯(cuò)配，這樣鑒定到的reads被認(rèn)為是鑒定到的已知miRNA。
miRNA轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)多位于基因間隔區(qū)、內(nèi)含子以及編碼序列的反向互補(bǔ)序列上，其前體具有標(biāo)志性的發(fā)夾結(jié)構(gòu)，成熟體的形成是由Dicer/DCL酶的剪切實(shí)現(xiàn)的。針對(duì)miRNA的生物特征，對(duì)于未鑒定到已知miRNA的序列，百邁客利用miRDeep2軟件進(jìn)行新miRNA的預(yù)測。
我們利用miRDeep2軟件包,通過reads比對(duì)到基因組上的位置信息得到可能的前體序列，基于reads在前體序列上的分布信息(基于miRNA產(chǎn)生特點(diǎn)，mature,star,loop)及前體結(jié)構(gòu)能量信息(RNAfold randfold)采用貝葉斯模型經(jīng)打分最終實(shí)現(xiàn)新miRNA的預(yù)測。miRDeep2主要用于動(dòng)物miRNA的預(yù)測，通過參數(shù)的調(diào)整及打分系統(tǒng)的改變也可以對(duì)植物的miRNA進(jìn)行預(yù)測。

Q4. miRNA命名規(guī)則是怎樣的？

Biomarker — Fri, 31 Dec 2021 10:21:03 +0000

答：
參照miRBase的命名規(guī)則：{物種名縮寫}-miR-{編號(hào)};miR-前綴后面所跟著的數(shù)字，代表命名的順序，比如，miR-124比miR-456發(fā)現(xiàn)得早?！癿iR-”代表成熟的miRNA、“mir-”代表pre-miRNA和pri-miRNA、“MIR”代表編碼miRNA的基因。
miRNA幾乎全是獨(dú)一的編碼順序，但對(duì)于擁有一兩個(gè)堿基不同的則會(huì)被標(biāo)上字母以示，例如，miR-124a與miR-124b。若成熟的miRNA相同，但pre-miRNA和pri-miRNA和編碼他們的基因來自于不同的基因組，則使用數(shù)字來表示，例如，mir-194-1和mir-194-2表示兩個(gè)pre-， pri-miRNA剪切后的成熟miRNA是完全相同的，但卻是兩個(gè)不同的來源。
前綴的三個(gè)字母代表了不同的種族來源，例如，hsa-miR-194代表miRNA來源于人類，oar-miR-124來源于綿羊。
對(duì)于形成pre-，pri-miRNA莖環(huán)的兩端miRNA，通常一端在數(shù)量上遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過另一端。數(shù)量優(yōu)勢的一端往往稱為guide strand，而另一端被稱為passenger strand，通常被大量降解，用*號(hào)來表示，例如miR-124和miR-124*。
最新版中miRBase已經(jīng)不再使用*來標(biāo)記microRNA與其發(fā)夾前體互補(bǔ)配對(duì)位置的互補(bǔ)序列，而是使用“-3p”與“-5p”作為區(qū)分這兩條序列的后綴替代舊的的命名法。(參考http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml)
舉例： aly-miR158b-3p， aly 代表這是Arabidopsis lyrata 物種的miRNA, -miR158b表示這是成熟的miRNA , 其中b表示還有一個(gè)miRNA序列與它相似，僅有一兩個(gè)堿基不同。 -3p 表示它從前體的3’端剪切得到。
對(duì)新預(yù)測的miRNA 我們統(tǒng)一用 novel_miR_{數(shù)字編號(hào)} 來命名，如 novel_miR_4974。

Q2.為什么宏基因組與微生物多樣性物種注釋結(jié)果存在差異？

Biomarker — Thu, 04 May 2017 02:34:48 +0000

微生物多樣性和宏基因組都會(huì)分析環(huán)境中物種的種類，但是物種的豐度在二者之間存在一定的差異，第一種原因是微生物多樣性是基于核糖體小亞基基因序列進(jìn)行物種注釋和豐度統(tǒng)計(jì)，但是在不同物種中核糖體基因的拷貝數(shù)不一樣，這會(huì)帶來一些誤差；第二種原因是二者在建庫測序過程中會(huì)進(jìn)行PCR反應(yīng)，在PCR這個(gè)過程中也會(huì)存在一些誤差。

3、真菌基因組材料選擇有哪些注意事項(xiàng)？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:52:26 +0000

答：對(duì)于真菌基因組測序，首先注意保證不要有雜菌的污染，需要通過核染色確定真菌基因組是單核還是多核，可通過細(xì)菌基因組調(diào)研圖來確定雜合度以及重復(fù)序列，再評(píng)估最佳的精細(xì)圖測序策略。

2、真菌基因組準(zhǔn)完成圖是什么意思？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:47:56 +0000

答：真菌基因組準(zhǔn)完成圖是通過二代測序+三代測序+光學(xué)圖譜結(jié)合進(jìn)行組裝分析，將真菌基因組組裝到近染色體的水平，組裝到近染色體不是說通過光學(xué)把組裝的scaffold掛到染色體上，意思是組裝出來的scaffold數(shù)量接近染色體的數(shù)量，是組裝完整性的一種指標(biāo)。

1、真菌基因組二代+三代具體是怎么組裝的？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:43:47 +0000

答：具體的組裝方法有三種，選擇組裝結(jié)果。

方法一：二代數(shù)據(jù)和三代數(shù)據(jù)測序片段混合組裝；

方法二：二代數(shù)據(jù)和三代數(shù)據(jù)分別組裝，然后再用分別組裝后的結(jié)果在congtig水平再連接組裝；

方法三：二代數(shù)據(jù)組裝，再用三代數(shù)據(jù)對(duì)二代組裝的contig進(jìn)行連接到scaffold水平。

3、細(xì)菌基因組測序中比較基因組分析是什么？

Biomarker — Wed, 03 May 2017 09:25:48 +0000

答：細(xì)菌基因組比較基因組分析，主要是分析有親緣關(guān)系的細(xì)菌基因之間的差別，通過比較基因組分析親緣遠(yuǎn)近關(guān)系，特有和共有基因以及共線性分析等，找到差異基因，對(duì)差異基因進(jìn)行功能注釋，解析近緣關(guān)系細(xì)菌間生理或形態(tài)差別的原因。

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為什么全長比較轉(zhuǎn)錄組不做與表達(dá)量相關(guān)的分析？

Q4.如何對(duì)lncRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測？

Q3.如何進(jìn)行LncRNA的鑒定？

Q5. 如何進(jìn)行動(dòng)植物的miRNA鑒定

Q4. miRNA命名規(guī)則是怎樣的？

Q2.為什么宏基因組與微生物多樣性物種注釋結(jié)果存在差異？

3、真菌基因組材料選擇有哪些注意事項(xiàng)？

2、真菌基因組準(zhǔn)完成圖是什么意思？

1、真菌基因組二代+三代具體是怎么組裝的？