植物代謝組研究伴隨著分析技術(shù)的發(fā)展和對植物代謝認(rèn)識的深入而逐步開展。19世紀(jì)末，科學(xué)家開始研究植物的化學(xué)成分及其藥理作用，這成為植物代謝組研究的雛形。

1998年，Steven Oliver 在一篇關(guān)于酵母功能基因組學(xué)的綜述文章中創(chuàng)造了 “metabolomics” 一詞。此后，世紀(jì)之交發(fā)表的多篇論文闡述了代謝物譜分析在植物代謝調(diào)控等研究中的應(yīng)用潛力，這些研究主要采用非靶向分析方法，推動了多元統(tǒng)計方法在植物和細胞功能研究中的廣泛應(yīng)用。

2010年前后，植物代謝組學(xué)研究日趨成熟，高分辨質(zhì)譜技術(shù)、代謝組學(xué)成像技術(shù)和代謝組學(xué)定量分析技術(shù)等得到廣泛應(yīng)用。

2023年，中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心李軒團隊構(gòu)建了涵蓋苔蘚植物、石松植物、蕨類植物、裸子植物和被子植物五大類群的150多個植物物種的參考代謝組及其數(shù)據(jù)庫RefMetaPlant，為植物代謝及植物生理相關(guān)研究提供了關(guān)鍵支持，促進了代謝組學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)交流共享與合作。

量溯植物代謝·解碼植物生命

從種子萌發(fā)到果實成熟，植物每一步代謝活動都暗藏“量化密碼”。植物代謝組是植物生長發(fā)育、逆境響應(yīng)及品質(zhì)形成的?“動態(tài)檔案”，而定量分析則是解讀這份檔案的關(guān)鍵鑰匙。為此，由青島百譜生物科技有限公司、北京百邁客生物科技有限公司聯(lián)合主辦的“植物廣靶定量代謝組學(xué)發(fā)布會”，將于9月17日在山東青島隆重召開。

發(fā)布會以“量溯代謝” 為核心，將系統(tǒng)揭示植物定量代謝組學(xué)在科學(xué)研究與農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)中的雙重驅(qū)動力。發(fā)布會將分享基于液相色譜-高分辨質(zhì)譜（LC-HRMS）等技術(shù)的植物代謝物定量方法創(chuàng)新，詳解如何實現(xiàn)對數(shù)千種初生代謝物（如糖、氨基酸）和次生代謝物（如黃酮、生物堿）的精準(zhǔn)定量與動態(tài)追蹤。

此外，本次發(fā)布會將匯聚來自全國的諸多杰出學(xué)者與專家，他們將以論壇交流的形式在此深入研討與溝通，共同促進代謝組學(xué)在農(nóng)業(yè)中的研究，為我國在該領(lǐng)域的科技進步貢獻卓越的智慧和力量。

出席嘉賓

鄭洪坤：百邁客生物創(chuàng)始人兼CEO

曹以襯：青島百譜生物科技有限公司總經(jīng)理

段德麟：中國科學(xué)院海洋研究所研究員

王 ?旭：北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院研究員

張立濤：中國科學(xué)院海洋研究所副研究員

方晶晶：SCIEX中國，生命科學(xué)研究市場開發(fā)經(jīng)理

李天運：青島百譜生物科技有限公司質(zhì)譜研發(fā)經(jīng)理

?會議流程

時間? ? ? ? ? ? ? ? 會議環(huán)節(jié)

14:00～14:30 ?實驗室參觀

14:30～14:35 ?歡迎詞

14:35～15:05 ?從“廣篩”到“精量”:植物廣靶定量代謝組技術(shù)–解鎖植物代謝研究全新維度

15:05～15:35 ?SCIEX定量質(zhì)譜驅(qū)動高覆蓋靶向代謝組學(xué)研究

15:35～15:45 ?產(chǎn)品發(fā)布儀式

15:45～16:30 ?主題討論會

16:30～17:00 ?新品煥新&互動贏好禮

新品煥新·互動贏好禮

為方便更多同仁參與，屆時將開啟線上同步直播。本次發(fā)布會特別為線上同仁打造 “專屬福利環(huán)節(jié)”，讓您在云端參會也能收獲滿滿、驚喜不斷！

• 將帶來植物代謝組學(xué)核心產(chǎn)品深度拆解—— 不僅詳細講解產(chǎn)品功能與技術(shù)優(yōu)勢，更會結(jié)合科研場景、產(chǎn)業(yè)需求，精準(zhǔn)匹配您的實操難點與痛點，幫您快速判斷產(chǎn)品如何助力研究與生產(chǎn)；

• “互動贏好禮” 重磅福利同步上線！只需在直播間實時參與交流：無論是針對技術(shù)/產(chǎn)品提出疑問、圍繞話題分享觀點留言，還是搶答專家拋出的關(guān)鍵問題，只要積極融入答疑討論，就能獲得抽獎資格，贏取多重豐厚精美大獎。讓您在吸收行業(yè)前沿干貨的同時，輕松抱走驚喜好禮，線上參會也能 “滿載而歸”！

歡迎各界人士關(guān)注“百邁客生物”視頻號，積極報名預(yù)約共赴這場植物代謝組學(xué)的學(xué)術(shù)盛宴！

本次調(diào)研由北京科技創(chuàng)新促進中心黨委書記李萍帶隊，科技服務(wù)業(yè)部部長付文均、城市科技部部長曲宏，以及北京醫(yī)藥健康科技發(fā)展中心前沿部部長李潛等領(lǐng)導(dǎo)共同參與；百邁客生物聯(lián)合創(chuàng)始人王瑞、財務(wù)負責(zé)人蔣躍征等陪同接待，并與調(diào)研團隊進行座談交流。

座談會上，王瑞首先對市科委領(lǐng)導(dǎo)一行的到來表示熱烈歡迎，并圍繞百邁客生物的發(fā)展歷程、核心業(yè)務(wù)板塊、核心技術(shù)優(yōu)勢，以及未來在基因科技領(lǐng)域的長期戰(zhàn)略布局作詳細介紹。她強調(diào)，百邁客生物始終以?“技術(shù)創(chuàng)新驅(qū)動產(chǎn)業(yè)發(fā)展”?為核心理念，深耕生命科學(xué)領(lǐng)域，致力于為生命科學(xué)領(lǐng)域提供高質(zhì)量的產(chǎn)品與服務(wù)。

隨后，市科委各位領(lǐng)導(dǎo)結(jié)合各自分管領(lǐng)域，針對百邁客生物的發(fā)展痛點與未來方向，提出了兼具專業(yè)性與指導(dǎo)性的建議：

此次調(diào)研不僅深化了市科委對百邁客生物發(fā)展現(xiàn)狀與核心需求的精準(zhǔn)了解，更為企業(yè)后續(xù)在政策對接、資源整合、戰(zhàn)略規(guī)劃等方面提供了明確的方向和支持等方面提供了明確的方向指引與支持。百邁客生物將以此為契機，進一步加強與政府部門的常態(tài)化溝通協(xié)作，加速科技創(chuàng)新與成果轉(zhuǎn)化，為推動北京國際科技創(chuàng)新中心建設(shè)、助力基因科技行業(yè)高質(zhì)量發(fā)展積極貢獻企業(yè)力量。

發(fā)表時間：2024年12月

合作單位：農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)業(yè)環(huán)境保護研究所

發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials（IF 8.9）

研究背景

塑料污染現(xiàn)狀嚴(yán)峻且向納米級轉(zhuǎn)化：塑料已成為現(xiàn)代生活不可或缺的材料，但大量塑料廢棄物造成了全球緊迫的環(huán)境問題，在水、海洋生物、人類排泄物甚至極地沉積物等多種介質(zhì)中均有檢出。環(huán)境風(fēng)化作用使塑料碎片逐漸分解為微塑料（<5μm）和納米塑料（<1μm），其中納米塑料（NPLs）因更豐富、反應(yīng)性更強，能到達更偏遠區(qū)域并穿透活細胞，環(huán)境風(fēng)險遠高于微塑料。納米塑料與抗生素抗性基因（ARGs）的關(guān)聯(lián)研究不足：已有研究表明塑料可促進 ARGs 增殖，且納米材料（如金屬納米顆粒 AgNPs、ZnO NPs）與細菌抗生素抗性進化相關(guān)，但關(guān)于納米塑料對細菌抗生素抗性的影響尚不明確。金屬納米顆粒與納米塑料在物理化學(xué)性質(zhì)和界面活性上存在本質(zhì)差異，且雖有研究指出微塑料可吸附 ARGs 加速其傳播，但納米塑料與耐藥菌共存狀態(tài)及作用機制的研究仍較零散。

粘質(zhì)沙雷氏菌的研究價值：粘質(zhì)沙雷氏菌在自然環(huán)境中分布廣泛，可定殖于水和土壤介質(zhì)，是醫(yī)院獲得性感染的重要條件致病菌，能引發(fā)肺炎、尿路感染和敗血癥等疾病，且其自身攜帶 ARGs。隨著廣譜抗生素的大量使用，該菌的耐藥性增強，對臨床治療構(gòu)成挑戰(zhàn)，因此研究納米塑料脅迫下其抗生素抗性軌跡具有重要意義。

測序策略

轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）+基因組測序

研究結(jié)論

1、納米塑料可促進粘質(zhì)沙雷氏菌抗生素抗性進化，且作用受粒徑影響：

暴露于納米塑料后，粘質(zhì)沙雷氏菌對磺胺甲噁唑（SMX）、諾氟沙星（NOR）、鏈霉素（STR）、卡那霉素（KA）等抗生素的抑菌圈逐漸縮小，ARGs 相對豐度顯著高于無納米塑料組（CK），且呈現(xiàn) “200nm 納米塑料組（T2）>600nm 納米塑料組（T1）>CK” 的規(guī)律（T2、T1、CK 的 ARGs 相對豐度中位數(shù)分別為 0.82%、0.62%、0.56%）。

隨著傳代，CK 和 T1 組的 ARGs 豐度呈下降趨勢（歸因于基因適應(yīng)性成本），但 T1 組下降幅度小于 CK 組，而 T2 組 ARGs 豐度呈上升趨勢，表明小粒徑納米塑料對細菌抗生素抗性進化的促進作用更顯著。

2、不同粒徑納米塑料促進抗性進化的機制存在差異：

600nm 納米塑料：主要通過影響細菌細胞膜通透性促進抗性。轉(zhuǎn)錄組分析顯示，其誘導(dǎo)的差異表達基因（DEGs）多與物質(zhì)運輸和細胞膜功能相關(guān)，如 LysE 家族轉(zhuǎn)運蛋白、ABC 轉(zhuǎn)運蛋白通透酶等表達上調(diào)，增強抗生素外排能力，進而提升細菌抗性。

200nm 納米塑料：主要通過調(diào)控細菌代謝過程增強抗性。其誘導(dǎo)的 DEGs 多參與氧化還原過程、羧酸代謝過程等，如硫胺素焦磷酸結(jié)合蛋白（TPP）下調(diào)導(dǎo)致細菌代謝受損，激活抗性相關(guān)基因表達；環(huán)氧奎奴基還原酶 QueH 上調(diào)提高細菌蛋白質(zhì)合成效率，促進外排泵等抗性相關(guān)蛋白合成。同時，200nm 納米塑料對細菌生長抑制更強，使細菌進入低代謝休眠狀態(tài)，抵抗抗生素攻擊。

3、納米塑料通過誘導(dǎo)基因突變增強細菌抗性：

納米塑料暴露會導(dǎo)致粘質(zhì)沙雷氏菌發(fā)生單核苷酸多態(tài)性（SNP）突變，且粒徑越小突變概率越高（T2 組 SNP 純合子數(shù)量 31513 個，T1 組 31380 個）。突變基因功能主要涉及催化活性、結(jié)合、細胞膜、細胞過程和代謝過程，部分突變基因（如 HMI62_RS24365）可改變細胞膜功能，增強抗生素外排，進而提升抗性。

4、納米塑料可加速 ARGs 水平轉(zhuǎn)移，小粒徑作用更突出：

納米塑料暴露顯著提高粘質(zhì)沙雷氏菌的接合轉(zhuǎn)移頻率（T2 組 22.98%、T1 組 8.13%、CK 組 7.35%）和游離質(zhì)粒轉(zhuǎn)化能力（T2 組轉(zhuǎn)化頻率是 CK 組的 6 倍，T1 組是 CK 組的 2 倍），且轉(zhuǎn)移的質(zhì)粒攜帶多種抗性基因和外排泵基因。

分子對接顯示，納米塑料可與細菌細胞膜蛋白（如 5NUQ，結(jié)合能 – 8.54kcal/mol）結(jié)合，像 “牽引器” 一樣促進細菌間接觸；同時，納米塑料能增強細菌運動能力（T2 組細菌擴散圈最大），進一步提高 ARGs 水平轉(zhuǎn)移頻率。

結(jié)果展示

現(xiàn)在，百邁客生物細菌基因組產(chǎn)品帶著五大核心升級重磅來襲，從樣本起始量到分析周期，從組裝方式到數(shù)據(jù)應(yīng)用，全方位打破行業(yè)瓶頸，為你的科研加速！

升級 1：低建庫起始量，珍貴樣本不再 “難倒英雄漢”

??很多時候，科研中的細菌樣本來之不易 —— 可能是臨床分離的少量病原菌，也可能是環(huán)境中富集的稀缺菌株，樣本量不足往往讓后續(xù)實驗 “卡殼”。此次百邁客生物 產(chǎn)品針對性優(yōu)化建庫技術(shù)：

• ONT 平臺：建庫起始量低至 500ng / 次，無需大量擴增即可啟動實驗；
• PB 平臺：建庫起始量低至 250ng / 次，珍貴樣本也能輕松滿足實驗需求。

再也不用為 “樣本少” 發(fā)愁，讓每一份寶貴樣本都能發(fā)揮最大研究價值！?

升級 2：純?nèi)M裝，擺脫二代數(shù)據(jù)依賴，分析流程直接 “拎包即用”

傳統(tǒng)細菌基因組組裝常需依賴二代數(shù)據(jù)校正，不僅增加了實驗成本，還延長了分析周期，流程銜接中也容易出現(xiàn)問題。

百邁客生物此次實現(xiàn)僅三代組裝技術(shù)突破：無需搭配二代數(shù)據(jù)，僅憑三代長讀長優(yōu)勢，就能完成高質(zhì)量基因組組裝。更重要的是，我們已搭建好完備的純?nèi)治隽鞒?，從?shù)據(jù)下機到組裝結(jié)果輸出，全程標(biāo)準(zhǔn)化、自動化，無需你額外調(diào)試，拿到樣本即可啟動分析，大幅減少流程搭建的時間成本。

升級 3：極速周期低至 15 天，科研進度 “快人一步”

科研競爭講究 “時間就是成果”，漫長的分析周期往往會錯過最佳研究窗口。

百邁客生物通過技術(shù)優(yōu)化與流程重構(gòu)，將細菌基因組項目的整體周期壓縮至低至 15 天—— 從樣本接收、建庫測序，到組裝分析、結(jié)果交付，全程高效推進，讓你更快拿到核心數(shù)據(jù)，加速論文撰寫與項目結(jié)題。

升級 4：成功率≥98%，超高成功率，實驗放心 “不翻車”

“樣本做廢了”“數(shù)據(jù)沒出來”，是科研中最讓人崩潰的情況。百邁客生物深知實驗可靠性的重要性，通過優(yōu)化樣本提取、建庫緩沖體系等關(guān)鍵環(huán)節(jié)，將細菌基因組項目的整體成功率提升至≥95% ，顯著高于行業(yè)平均提取與實驗成功率。

無論是復(fù)雜細胞壁結(jié)構(gòu)的細菌，還是低豐度樣本，我們都能最大限度保障實驗成功，讓你的科研每一步都更穩(wěn)妥。

升級 5：個性化上云功能，數(shù)據(jù)挖掘 “更懂你”

誰說數(shù)據(jù)分析不能又快又聰明？百邁客生物獨家提供個性化云上服務(wù)，秒殺絕大多數(shù)同行！涵蓋六大功能，總有一款適合您：

百邁客生物打破這一局限，推出行業(yè)稀缺的個性化上云服務(wù)，五大核心功能直擊研究痛點，讓數(shù)據(jù)挖掘更高效、更精準(zhǔn)。

百邁客生物會將您的項目報告推送到您的云賬號下，在項目下可以直接進行個性化分析，無需再整理復(fù)雜的文件表格進行輸入，無生物學(xué)基礎(chǔ)亦可輕松拿捏基因組個性化分析。

1、通用數(shù)據(jù)庫注釋篩選

基于云平臺，你可根據(jù) “毒力基因”“耐藥基因”“代謝通路” 等研究關(guān)鍵詞，一鍵篩選目標(biāo)注釋結(jié)果，無需在海量數(shù)據(jù)中手動查找；

打分參數(shù)、可靠性參數(shù)設(shè)置，均可隨性設(shè)置。

2、基因組圖譜查詢

云平臺內(nèi)置【基因組圖譜展示工具】，點擊即可查看基因組環(huán)形圖、基因位置分布等信息，直觀掌握基因組結(jié)構(gòu)（示意圖如下）

3、T3SS分泌系統(tǒng)預(yù)測

基于EffectiveT3精準(zhǔn)預(yù)測III型分泌蛋白，致病機制研究更深入！

4、GTDB-tk分類鑒定

輸入細菌基因組序列，即可通過該工具完成物種分類，明確菌株進化地位

5、ANI分析

快速計算基因組間相似性，可選多參考基因組比對，并生成熱圖，物種界定更輕松！

6、SNP進化樹構(gòu)建

物種進化樹（?稱系統(tǒng)發(fā)育樹或?命樹）是?物學(xué)中?來描述不同物種或?物類群之間演化關(guān)系的樹狀圖。它通過分?結(jié)構(gòu)展示物種的分化過程、共同祖先及親緣關(guān)系的遠近。使?snippy軟件進?core snp 分析，基于樣本間的core snp ，使?phmyl構(gòu)建進化樹，展示?標(biāo)物種與給定的菌株之前的近緣關(guān)系。

用 snippy 篩選核心 SNP，結(jié)合 phmyl 構(gòu)建進化樹，清晰展示目標(biāo)菌株與參考菌株的親緣關(guān)系，助力溯源與進化分析。

從 “能做” 到 “做好”，從 “出數(shù)據(jù)” 到 “出成果”，百邁客生物細菌基因組產(chǎn)品始終以研究者需求為核心，不斷迭代升級。此次五大升級已全面落地，后續(xù)還將推出更多貼合科研場景的功能，為你的細菌研究提供更強大的技術(shù)支撐！

• 細菌基因組研究正不斷突破，百邁客生物還將持續(xù)推出更多升級服務(wù)！敬請期待！
• 無論是病原微生物研究、環(huán)境微生物組分析，還是功能基因挖掘，百邁客生物助您穩(wěn)扎穩(wěn)打、快人一步！
• 想了解更多產(chǎn)品細節(jié)，或預(yù)約樣本檢測，歡迎點擊下方按鈕，解鎖你的高效科研新方案～

BH1000時空成像系統(tǒng)

成像在空間轉(zhuǎn)錄組實驗中的重要作用

空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，其核心在于將測序數(shù)據(jù)與精確的成像相結(jié)合。然而，實踐中我們有時會不自覺地將焦點過度集中在測序數(shù)據(jù)上，而忽略了同樣關(guān)鍵的成像環(huán)節(jié)。在空間轉(zhuǎn)錄組實驗的全過程中，其中有三個關(guān)鍵步驟需要成像：

結(jié)構(gòu)確認(rèn)

在樣本完成質(zhì)檢并合格后，需要對研究的目標(biāo)區(qū)域進行確認(rèn)，可以利用BH1000進行高清（標(biāo)配高品質(zhì)平場復(fù)消色差物鏡，20×物鏡，數(shù)值孔徑N.A.≥0.8,?同時最多支持拓展4個物鏡）的明場成像來進行判斷。

組織優(yōu)化

通過BH1000快速（20X，8mm*8mm,小于50S）得到高清明場圖像與高清的熒光（支持7個熒光通道,各通道有獨立傳感器，電動切換，標(biāo)配明場、?DAPI、FITC和CY3）成像結(jié)果來選擇最優(yōu)的透化時間（需要選擇熒光最亮且符合相應(yīng)明場結(jié)構(gòu)無明顯逸散的梯度）

基因表達

可以利用BH1000對明場及熒光掃描過程中經(jīng)常出現(xiàn)的拼接錯誤進行校準(zhǔn)（自主研發(fā)BMCHiper軟件，搭配自研半透半返模塊，實現(xiàn)圖像無錯校準(zhǔn)），得到原片無錯高清的熒光圖像與原片無錯高清的明場圖像，為后續(xù)空間數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的定位和可視化提供基礎(chǔ)，使得復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)能夠轉(zhuǎn)化為最直觀，最精準(zhǔn)的生物學(xué)見解。

BMKMANU BH1000產(chǎn)品

BMKMANU BH1000是專門適配精準(zhǔn)空間組學(xué)BMKMANU S系列產(chǎn)品的成像系統(tǒng)，它不僅可以實現(xiàn)各類物種及各類玻片標(biāo)本的快速全切片掃描成像，還能能夠滿足百創(chuàng)空間組學(xué)中各個實驗環(huán)節(jié)的成像需求，更能搭配使用百創(chuàng)細胞分割算法，結(jié)合其輸出的原片無錯高清明場成像，原片無錯高清熒光成像實現(xiàn)精準(zhǔn)空間單細胞分割。

產(chǎn)品參數(shù)

產(chǎn)品優(yōu)勢

用戶友好型界面，可實現(xiàn)一鍵式操作，自動對焦、自動掃描，圖像質(zhì)量優(yōu)異

50S內(nèi)可完成8mm*8mm 20X掃描，支持掃描25mm*60mm,原片明場及原片熒光成像

多層掃描：支持多景深模式和融合模式

支持多區(qū)域掃描

精準(zhǔn)細胞分割：內(nèi)嵌圖像校準(zhǔn)模式，可以實現(xiàn)對圖像進行校準(zhǔn)拼接，直接輸出原片無錯圖像

七通道多色熒光

拓展應(yīng)用范圍

這是最早關(guān)于人類免疫學(xué)應(yīng)用的記錄。公元前?400?年，中國可能已有人痘苗接種預(yù)防天花的方法，到?16?世紀(jì)明朝隆慶年間，人痘接種法得到重大改進并廣泛應(yīng)用，17?世紀(jì)傳入俄國、朝鮮、日本、土耳其和英國等國家，至18世紀(jì)末結(jié)束經(jīng)驗免疫學(xué)時期，隨后免疫學(xué)又經(jīng)歷了經(jīng)典免疫學(xué)時期，近代免疫學(xué)時期，直到1965年/1968年?B細胞/T細胞的發(fā)現(xiàn)開啟了現(xiàn)代免疫學(xué)時期。

隨著免疫學(xué)的逐步發(fā)展，免疫組學(xué)技術(shù)也隨之進入了迅速發(fā)展的時期，先后發(fā)展出了標(biāo)記免疫組技術(shù)、免疫組化技術(shù)、Bulk?T/BCR測序技術(shù)以及近幾年興起的單細胞T/BCR測序技術(shù)，并帶動了相關(guān)科學(xué)的進步。

2017年，張澤民院士研究組，通過大規(guī)模單細胞測序技術(shù)對肝癌相關(guān)T淋巴細胞進行分析，首次在單細胞水平上描繪肝癌微環(huán)境中免疫細胞圖譜，發(fā)現(xiàn)了肝癌免疫療法的潛在靶點，也為我們從多角度系統(tǒng)性理解肝癌T淋巴細胞特征奠定了基礎(chǔ)。（2017，Cell，Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing）

2024年，復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士和高強教授、中國科學(xué)院上海免疫與感染研究所張曉明研究員、浙江大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院郭國驥教授合作在Science上發(fā)表了題為A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers的研究論文，結(jié)合單細胞轉(zhuǎn)錄組、 B細胞受體免疫組庫和表觀基因組的多組學(xué)數(shù)據(jù)，系統(tǒng)性地刻畫了腫瘤浸潤性B細胞的異質(zhì)性、動態(tài)分化和表觀調(diào)控機制。創(chuàng)新地揭示了腫瘤微環(huán)境中廣泛存在的EF應(yīng)答的癌種偏好性、空間定位特征、臨床意義及潛在的誘導(dǎo)調(diào)控機制。

但是，與逐漸成熟的單細胞T/BCR測序不同，空間T/BCR測序測序技術(shù)還一直未能有較好的測序技術(shù)產(chǎn)品去做支撐，成果尚少，現(xiàn)有的文章技術(shù)還局限于使用早期的低分辨率轉(zhuǎn)錄芯片為依托。成熟穩(wěn)定且高分辨率的空間T/BCR測序技術(shù)產(chǎn)品的缺乏限制了空間免疫組的研究。

百創(chuàng)空間全長免疫組庫測序技術(shù)?BMKMANU?S3000-VDJ

2024年12月，百邁客生物智能制造以廣受市場好評的亞細胞級S系列空間轉(zhuǎn)錄組芯片為依托，開發(fā)出了在原片上可同時捕獲3’端轉(zhuǎn)錄組信息以及全長B細胞受體（BCR）和T細胞受體（TCR）序列的空間T/BCR測序技術(shù)產(chǎn)品—BMKMANU?S3000-VDJ?，將填補這一技術(shù)產(chǎn)品的缺口。

實測案例-某腫瘤-百創(chuàng)單細胞級空間免疫組結(jié)果

BMKMANU?S3000-VDJ?技術(shù)，使用新鮮OCT包埋樣本，在分辨率為3.5μm的芯片上同一張組織切片（10μm）實現(xiàn)3’端mRNA，以及全長TCR/BCR的捕獲。利用百邁客生物智能制造獨有的圖像校準(zhǔn)及細胞分割技術(shù)，得到單細胞級分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果及單細胞級分辨率的空間T/BCR數(shù)據(jù)。

BMKMANU?S3000-VDJ??技術(shù)路線

精準(zhǔn)空間細胞注釋

得到的單細胞級空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果，可以進行常規(guī)的空間轉(zhuǎn)錄組分析，并進行精準(zhǔn)的細胞注釋。

精準(zhǔn)細胞注釋及T/B細胞的空間分布

T/B細胞的亞群定位

對于得到的T細胞及B細胞又可以繼續(xù)進行詳細的亞群分類，同時探討亞群之前的相互轉(zhuǎn)換關(guān)系以及與表型之前的關(guān)系。

T/B Cells 亞群分類，亞群空間分布及亞群發(fā)育軌跡分析

TCR/BCR?空間分布以及豐度分析

TCR和BCR的豐度分析可以揭示免疫反應(yīng)的多樣性和動態(tài)變化。例如，TCR的多樣性在腫瘤進展過程中會發(fā)生變化，早期肝癌患者的TCR和BCR均勻性更高，而晚期患者則表現(xiàn)出較低的均勻性。此外，TCR和BCR的豐度變化也可以反映免疫細胞的激活狀態(tài)和克隆擴增情況。

克隆型空間分布以及豐度分析

腫瘤樣本我們可以類比為一處具有復(fù)雜地貌的特殊地理環(huán)境，不同的環(huán)境造就了各種細胞的不同狀態(tài)，而T/B細胞在不同的“選擇壓力”下邊進行了不同的“適應(yīng)性進化”。對不同生態(tài)位的T/B細胞尤其是TCR/BCR進行測定，有助于我們?nèi)ソ沂久庖呒毎目寺∑鹪春瓦M化過程。例如，通過分析TCR的VDJ重排，可以追蹤T細胞克隆的起源和擴增過程。這種分析有助于理解免疫細胞在不同生理和病理狀態(tài)下的動態(tài)變化。

百創(chuàng)單細胞級空間全長免疫組產(chǎn)品?BMKMANU?S3000-VDJ，將幫助科研者解決整個轉(zhuǎn)錄組和組織形態(tài)學(xué)問題，實現(xiàn)人類腫瘤或其它病變組織中B細胞和T細胞克隆的高保真定位和空間譜系追蹤，將在一定程度上促進對各種臨床相關(guān)現(xiàn)象（如感染、疫苗接種和癌癥）中淋巴細胞空間動力學(xué)的理解。

Comprehensive genomic and phenotypic analyses reveal the genetic basis of fruit quality in litchi

研究背景

荔枝是東南亞一種重要的經(jīng)濟水果作物，以其獨特的風(fēng)味和營養(yǎng)價值而聞名。荔枝起源于中國云南省，具有2000多年的栽培史，由于長期的自然選擇和在不同氣候及種植條件下的人工育種，孕育了豐富的種質(zhì)資源，可用于性狀持續(xù)的遺傳改良。至今已有許多工作是從表型性狀來研究和評估荔枝的多樣性，然而，相應(yīng)的遺傳變異未被充分的挖掘利用，尤其是能夠代表大量遺傳信息的核心種質(zhì)，群體遺傳結(jié)構(gòu)不清晰，許多重要育種性狀如果實大小、風(fēng)味、種子大小等調(diào)控果實品質(zhì)的遺傳基礎(chǔ)仍有待深入探索。

研究內(nèi)容

該研究中對來自國家荔枝種質(zhì)資源圃（廣州）從全球收集的276份具有代表性荔枝種質(zhì)資源進行了重測序，測序深度20X，并鑒定出3450萬個高質(zhì)量的雙等位基因SNP，構(gòu)成了迄今為止荔枝（乃至整個無患子科）最全面的遺傳變異圖譜。

隨后，分析了群體結(jié)構(gòu)，在基因組水平上揭示了群體之間的遺傳變異水平和親緣關(guān)系，分析表明該群體內(nèi)存在四個主要亞群：YNG（云南亞群，來自云南野生、廣西大興的種質(zhì)）、HNG（海南亞群，來自海南和廣地博白的種質(zhì)）、FGG1, 和FGG2亞群（包含來自福建和部分廣東、廣西的種質(zhì)）。YNG的核苷酸多樣性低于HNG、FGG1和FGG2的，LD遺傳距離的大于其他三個亞群(圖1)。

圖1-荔枝群體結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性

通過對21個果實品質(zhì)相關(guān)性狀進行表型分析，發(fā)現(xiàn)果實性狀在許多方面表現(xiàn)出極大的多樣性，例如果實大小、種子大小、糖酸含量等方面。進一步并結(jié)合全基因組關(guān)聯(lián)研究，鑒定了總計460個與果實性狀顯著相關(guān)的SNP和1,807個候選基因，其中包含大量負責(zé)調(diào)控種子和果實品質(zhì)性狀的候選基因和基因組位點，并篩選出了幾個與種子早期發(fā)育相關(guān)的候選基因。特別是，利用高效液相色譜（HPLC）方法測定了190個荔枝品種果實的糖組分和含量，隨后，以蔗糖和葡萄糖的含量作為性狀進行GWAS分析，在7號染色體上檢測到一個強關(guān)聯(lián)峰這個關(guān)聯(lián)峰位于基因LITCHI009111（LcSAI）的基因體區(qū)域內(nèi)，該基因編碼β-果糖呋喃苷糖酶，也稱為轉(zhuǎn)化酶（invertase），該酶催化蔗糖分解為葡萄糖和果糖，并通過原核表達和轉(zhuǎn)基因等方法驗證了該基因的功能。通過比較LcSAI蔗糖和還原糖種質(zhì)中的差異，開發(fā)了一個與糖組分和含量緊密連鎖的分子標(biāo)記，可用于荔枝育種的早期篩選，縮短育種周期。

圖2-荔枝果實性狀表型的多樣性

圖3-LcSAI 在荔枝果實的糖分積累中的作用

研究總結(jié)

綜上所述，該研究揭示了荔枝的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)，通過全面的基因組分析和表型分析，闡明了果實品質(zhì)的遺傳基礎(chǔ)。這些發(fā)現(xiàn)為理解荔枝果實品質(zhì)的遺傳基礎(chǔ)提供了寶貴資源和知識，為進一步的遺傳改良貢獻了理論基礎(chǔ)。

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